ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SERGUI | | データ収集 | SHELXE | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→26.65 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2291 | 729 | 4.71 % | random |
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Rwork | 0.1839 | - | - | - |
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all | 0.1859 | 8428 | - | - |
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obs | 0.1859 | 8427 | 95.95 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→26.65 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 790 | 0 | 0 | 100 | 890 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 830 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.3 | 1127 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.593 | 308 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.058 | 111 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 146 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.9672-2.119 | 0.2593 | 136 | 0.2155 | 2508 | X-RAY DIFFRACTION | 82 | 2.119-2.3322 | 0.2306 | 149 | 0.1993 | 3063 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3322-2.6694 | 0.2505 | 162 | 0.1974 | 3068 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.6694-3.3621 | 0.2263 | 148 | 0.1981 | 3061 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.3621-26.6523 | 0.2209 | 134 | 0.1699 | 3059 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.2011 | 1.6404 | 0.0454 | 7.1608 | -1.63 | 2.1633 | 0.0469 | -0.2182 | 0.2645 | 0.574 | -0.1089 | 0.6444 | -0.3056 | -0.5095 | 0.0153 | 0.2957 | 0.0568 | 0.0455 | 0.3816 | -0.0728 | 0.3241 | 14.6465 | 0.3505 | 0.2454 | 2 | 2.8278 | 0.9339 | 0.6055 | 7.4847 | -0.8894 | 2.5851 | -0.1145 | -0.1534 | -0.0611 | -0.2368 | 0.2649 | 0.5959 | 0.3263 | -0.3242 | -0.1051 | 0.2895 | -0.0441 | -0.0114 | 0.4089 | 0.007 | 0.3131 | 13.0003 | -18.4598 | -4.1656 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 645 through 693 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 694 through 739 ) | |
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