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万見
- PDB-2hu9: X-ray structure of the Archaeoglobus fulgidus CopZ N-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hu9
タイトルX-ray structure of the Archaeoglobus fulgidus CopZ N-terminal Domain
要素Mercuric transport protein periplasmic component
キーワードMETAL TRANSPORT / copper chaperone / iron-sufur protein / CopZ / Atx1 / Atox1
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #270 / CopZ, zinc binding domain / Zinc binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. ...N-terminal domain of TfIIb - #270 / CopZ, zinc binding domain / Zinc binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Copper chaperone CopZ
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / LeMoine, B. / Arguello, J.M. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Characterization and structure of a Zn2+ and [2Fe-2S]-containing copper chaperone from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Sazinsky, M.H. / LeMoine, B. / Orofino, M. / Davydov, R. / Bencze, K.Z. / Stemmler, T.L. / Hoffman, B.M. / Arguello, J.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mercuric transport protein periplasmic component
B: Mercuric transport protein periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3198
ポリマ－29,7172
非ポリマー6036
水2,522140
1
A: Mercuric transport protein periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1604
ポリマ－14,8581
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mercuric transport protein periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1604
ポリマ－14,8581
非ポリマー3013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.253, 64.469, 84.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Mercuric transport protein periplasmic component / MerP


分子量: 14858.355 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29901
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 15-20% PEG 2000 MME, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.74
シンクロトロンAPS 19-ID20.979
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2005年12月7日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年12月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.741
20.9791
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 29750 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 1.74→1.824 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→51.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.583 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1510 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.211 30031 --
obs0.206 29690 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→51.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 10 148 2224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.962854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.29222.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07315389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21420
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2910.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1381.51329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79822074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.863922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.714.5780
LS精密化 シェル解像度: 1.778→1.824 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 94 -
Rwork0.295 1851 -
obs-1945 88.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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