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- PDB-4qa9: Ensemble refinement of an epoxide hydrolase from Streptomyces car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qa9
タイトルEnsemble refinement of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus.
要素Epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / Epoxide hydrolase / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


ether hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase, N-terminal / Epoxide hydrolase N terminus / Epoxide hydrolase / Epoxide hydrolase-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Wang, F. / Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. ...Wang, F. / Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Ensemble refinement of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus.
著者: Wang, F. / Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,35517
ポリマ－43,2261
非ポリマー1,12916
水4,882271
1
A: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子

A: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,71034
ポリマ－86,4522
非ポリマー2,25832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.330, 75.330, 165.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
モデル数20
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-512-

HOH

22A-505-

HOH

33A-683-

HOH

44A-567-

HOH

55A-545-

HOH

66A-533-

HOH

77A-524-

HOH

88A-516-

HOH

99A-510-

HOH

1010A-503-

HOH

1111A-619-

HOH

1212A-558-

HOH

1313A-542-

HOH

1414A-530-

HOH

1515A-521-

HOH

1616A-512-

HOH

1717A-506-

HOH

1818A-731-

HOH

1919A-568-

HOH

2020A-539-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase


分子量: 43225.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HB8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 2.0M ammonium sulfate and 0.1M Tris:HCl, pH 8.5. Cyro was ethylene glycol., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→27.816 Å / Num. all: 66078 / Num. obs: 65946 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1420精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXPHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I19

4i19


解像度: 1.56→27.816 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.151 3343 5.07 %same with 4i19
Rwork0.1219 ---
all0.1234 68419 --
obs0.1234 65942 96.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso min: 99999 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→27.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3051 0 68 271 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.95
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.216
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5599-1.58210.22741200.2162162228282
1.5821-1.60570.221180.2022415253390
1.6057-1.63080.22851410.18462533267496
1.6308-1.65760.22191440.17392590273498
1.6576-1.68610.1941390.16712634277398
1.6861-1.71680.20171270.15052648277598
1.7168-1.74980.18481320.13262615274798
1.7498-1.78550.15641580.12092580273898
1.7855-1.82430.15791260.11512590271697
1.8243-1.86680.15161220.11152616273897
1.8668-1.91350.14141390.10852602274197
1.9135-1.96520.15641290.10812591272096
1.9652-2.0230.13621400.1032574271497
2.023-2.08830.13551310.10352648277996
2.0883-2.16290.13161350.09892568270396
2.1629-2.24940.13691290.0952585271496
2.2494-2.35180.12761480.09632567271595
2.3518-2.47570.10591540.09062620277497
2.4757-2.63070.14581580.09772604276296
2.6307-2.83360.14071600.1082632279297
2.8336-3.11840.1521450.12532736288199
3.1184-3.56890.17441480.13782758290699
3.5689-4.49330.15711520.12127882940100
4.4933-27.82080.13221480.14042943309199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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