+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q8p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) Mutant V262D in Complex with 6-Amino-2-{[2-(morpholin-4-yl)ethyl]amino}-1H,7H,8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | Transferase/transferase inhibitor / Guanine Exchange Enzyme / preQ1 / tRNA / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Neeb, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Creating a Resistance Model for TGT: The Effect of Mutations on Flexible lin-Benzoguanine Substituents 著者: Neeb, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 135.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43085.785 Da / 分子数: 1 / 変異: V262D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2-ZM-V262D / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CKR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS HAVE INDICATED THAT THERE IS A CONFLICT IN THE UNPROT SEQUENCE P28720. SEE REFERENCE: ...AUTHORS HAVE INDICATED THAT THERE IS A CONFLICT IN THE UNPROT SEQUENCE P28720. SEE REFERENCE: REUTER K.K.H., FICNER R.; J. BACTERIOL. 177:5284-5288 (1995). THE CORRECT RESIDUE IS A LYS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 10% DMSO, 8% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→25.3 Å / Num. obs: 72559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 10548 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1PUD 解像度: 1.45→23.321 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.321 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|