PDB-4q8k: Crystal structure of polysaccharide lyase family 18 aly-SJ02 P-CATD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q8k

タイトル

Crystal structure of polysaccharide lyase family 18 aly-SJ02 P-CATD

要素

Alginase

キーワード

LYASE / Alginate Lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.646 Å

データ登録者

Dong, S. / Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular insight into the role of the N-terminal extension in the maturation, substrate recognition, and catalysis of a bacterial alginate lyase from polysaccharide lyase family 18.
著者: Dong, S. / Wei, T.D. / Chen, X.L. / Li, C.Y. / Wang, P. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Pang, X.H. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z.

履歴

登録	2014年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q8k.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q8k.ent.gz	93.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q8k_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q8k_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	4q8k_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4q8k_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j1t-d 4q8l-1 4q8l-2 6kbu-2 1xbw-2 5cj2-3 1r88-1 6ck0-2 6kbu-1 5kvw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginase

ヘテロ分子

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.361, 46.361, 386.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-873- HOH
2	1	A-907- HOH

#1: タンパク質	Alginase 分子量: 40899.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudoalteromonas (バクテリア) / 株: SM0524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2LME8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM MES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 4000, 150mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.646→50 Å / Num. all: 29301 / Num. obs: 29301 / % possible obs: 91.9 %
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.646→35.635 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2286	1470	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.2041	29196	92.06 %	-
all	-	29301	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.948 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.9833 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.9833 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.9666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.646→35.635 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1757	0	11	329	2097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	2445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.753	641
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	325

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6462-1.7051	0.2369	147	0.2569	2829	97
1.7051-1.7733	0.2746	156	0.2332	2844	98
1.7733-1.8541	0.268	155	0.2387	2899	98
1.8541-1.9518	0.2755	134	0.2463	2650	91
1.9518-2.0741	0.2671	169	0.193	2880	99
2.0741-2.2342	0.2237	145	0.2023	2690	90
2.2342-2.459	0.2283	128	0.2006	2460	82
2.459-2.8147	0.2195	165	0.1968	2991	99
2.8147-3.5457	0.2217	157	0.1948	3063	98
3.5457-35.643	0.2056	114	0.1942	2420	71

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.4431 Å / Origin y: 13.52 Å / Origin z: -14.2791 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0956 Å²	0.0272 Å²	0.0022 Å²	-	0.2886 Å²	-0.0259 Å²	-	-	0.1998 Å²
L	0.6998 °²	0.0544 °²	0.0416 °²	-	0.6496 °²	0.2558 °²	-	-	1.5205 °²
S	-0.0022 Å °	-0.1653 Å °	0.027 Å °	-0.0224 Å °	0.0013 Å °	-0.0128 Å °	-0.0156 Å °	0.0735 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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