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万見
- PDB-4q8l: Crystal structure of polysacchride lyase family 18 aly-SJ02 r-CATD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q8l
タイトルCrystal structure of polysacchride lyase family 18 aly-SJ02 r-CATD
要素Alginase
キーワードLYASE / Alginate lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Dong, S. / Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular insight into the role of the N-terminal extension in the maturation, substrate recognition, and catalysis of a bacterial alginate lyase from polysaccharide lyase family 18.
著者: Dong, S. / Wei, T.D. / Chen, X.L. / Li, C.Y. / Wang, P. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Pang, X.H. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginase
B: Alginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0724
ポリマ－49,9922
非ポリマー802
水5,459303
1
A: Alginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0362
ポリマ－24,9961
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0362
ポリマ－24,9961
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.738, 66.738, 419.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Alginase


分子量: 24996.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudoalteromonas (バクテリア) / 株: SM0524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2LME8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100mM phosphate-citrate (pH 4.2), 40% (w/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. all: 34080 / Num. obs: 34080 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J1T

1j1t


解像度: 2.099→36.302 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 1718 5.07 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.1847 33912 99.69 %-
all-34080 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.082 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8332 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.8332 Å20 Å2
3----7.6664 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→36.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 2 303 3819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0164861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6911280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0988-2.16050.24451530.17612584100
2.1605-2.23020.23641600.16222600100
2.2302-2.30990.20391220.15652615100
2.3099-2.40240.20641430.15952615100
2.4024-2.51170.21311370.16922622100
2.5117-2.64410.24351330.17962662100
2.6441-2.80970.26981360.19282659100
2.8097-3.02650.2491630.1892663100
3.0265-3.33090.21321460.18832689100
3.3309-3.81250.2261330.1757270399
3.8125-4.80160.17391500.1668276399
4.8016-36.30780.23781420.22723019100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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