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- PDB-4q8h: Structure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2 pseudoubiquitin-hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q8h
タイトルStructure of the Saccharomyces cerevisiae PAN2 pseudoubiquitin-hydrolase-RNase module
要素PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2
キーワードHYDROLASE / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like domain / UCH / RNase / PAN3
機能・相同性
機能・相同性情報


PAN complex / Deadenylation of mRNA / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / postreplication repair / P-body / mRNA processing / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ubiquitin specific protease domain ...PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schaefer, I.B. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The structure of the Pan2-Pan3 core complex reveals cross-talk between deadenylase and pseudokinase.
著者: Schafer, I.B. / Rode, M. / Bonneau, F. / Schussler, S. / Conti, E.
履歴
登録2014年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0463
ポリマ－75,9971
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.712, 115.505, 257.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-716-

CYS

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要素

#1: タンパク質 PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2 / PAB1P-dependent poly(A)-nuclease / PAN deadenylation complex catalytic subunit 2


分子量: 75997.008 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 460-1115 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAN2, YGL094C / プラスミド: pFL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53010, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.5, 10% v/v PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月30日
放射モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.013 Å / Num. all: 25287 / Num. obs: 25287 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3.7 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.32 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 2.488 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 4503 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1647)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1WLJ AND 4Q8G

1wlj

4q8g


解像度: 3.1→48.013 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 1268 5.02 %RANDOM
Rwork0.2387 ---
obs0.2406 25241 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4902 0 2 0 4904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8726803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3291802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003877
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.22410.44831300.40382599X-RAY DIFFRACTION99
3.2241-3.37080.38571340.34352630X-RAY DIFFRACTION100
3.3708-3.54850.31271230.30272651X-RAY DIFFRACTION100
3.5485-3.77070.32751390.2912621X-RAY DIFFRACTION100
3.7707-4.06170.28831430.24942639X-RAY DIFFRACTION100
4.0617-4.47020.25051540.21612649X-RAY DIFFRACTION100
4.4702-5.11640.24881520.19732672X-RAY DIFFRACTION100
5.1164-6.44370.28011490.24642695X-RAY DIFFRACTION100
6.4437-48.01850.24421440.20972817X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2656-2.2911-2.0862.35553.29055.359-0.3197-1.3513-0.05361.70360.8584-0.069-0.10110.1022-0.34541.57740.1529-0.03721.4140.12960.840223.995554.006554.8437
25.10790.52490.38667.03980.20357.6444-0.2675-0.47420.11870.11510.20040.4306-0.3619-0.51450.11240.610.002-0.0110.70730.0240.508816.940267.397637.2028
32.96580.16110.45023.74090.15164.35530.03350.6864-0.2449-0.46910.0328-0.1239-0.0220.4092-0.06290.51420.1365-0.00910.9905-0.0060.482425.69357.468325.8206
43.02480.42860.20854.39172.37925.0410.0496-0.10310.09090.4523-0.36340.8313-0.2678-0.69610.22470.83620.07790.11410.5526-0.10980.77111.76986.112955.7775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 459 through 499 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 500 through 618 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 619 through 881 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 882 through 1111 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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