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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q81 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 1-hydroxy-4,6-dimethylpyridine-2(1H)-thione bound to human carbonic anhydrase II | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, D.P. / Cohen, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exploring the influence of the protein environment on metal-binding pharmacophores. 著者: Martin, D.P. / Blachly, P.G. / McCammon, J.A. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 740 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 741.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4q7pC ![]() 4q7sC ![]() 4q7vC ![]() 4q7wC ![]() 4q83C ![]() 4q87C ![]() 4q8xC ![]() 4q8yC ![]() 4q8zC ![]() 4q90C ![]() 4q99C ![]() 4q9yC ![]() 3ks3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 192分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/7MH.gif)
![](data/chem/img/MBO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/7MH.gif)
![](data/chem/img/MBO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 化合物 | ChemComp-7MH / |
#5: 化合物 | ChemComp-MBO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: Montels Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5478 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→22.79 Å / Num. all: 33449 / Num. obs: 33131 / % possible obs: 99.05 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / % possible all: 93.95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3KS3 解像度: 1.55→22.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.447 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.477 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→22.79 Å
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拘束条件 |
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