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- PDB-4q7r: Crystal structure of large Stokes shift fluorescent protein LSSmOrange -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q7r
タイトルCrystal structure of large Stokes shift fluorescent protein LSSmOrange
要素LSSmOrange
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / large Stokes shift fluorescent protein / chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / mOrange
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pletnev, S. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Orange Fluorescent Proteins: Structural Studies of LSSmOrange, PSmOrange and PSmOrange2.
著者: Pletnev, S. / Shcherbakova, D.M. / Subach, O.M. / Pletneva, N.V. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Dauter, Z. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LSSmOrange
B: LSSmOrange
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,88528
ポリマ－56,2412
非ポリマー1,64326
水5,423301
1
A: LSSmOrange
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,12917
ポリマ－28,1211
非ポリマー1,00816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LSSmOrange
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,75611
ポリマ－28,1211
非ポリマー63510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.436, 107.364, 56.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LSSmOrange


分子量: 28120.748 Da / 分子数: 2 / 変異: R17H, V44A, F83L, W143M, I161D, M163L, G196D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: D0VWW2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES PHE65, GLY66, TYR67, AND GLY68 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M acetate buffer, 20% PEG1000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→55.335 Å / Num. obs: 84546 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.4-1.454.10.62883450.76197.1
1.45-1.514.20.45582980.766197.6
1.51-1.584.20.30283910.783197.9
1.58-1.664.20.21283610.833198.2
1.66-1.764.20.14684600.864198.5
1.76-1.94.30.09784470.983198.8
1.9-2.094.30.06784971.115199.1
2.09-2.394.30.06885121.103199.4
2.39-3.024.30.05985811.209199.8
3.02-304.20.03486541.681199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H5O

2h5o


解像度: 1.4→55.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1763 / WRfactor Rwork: 0.153 / FOM work R set: 0.9086 / SU B: 1.922 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0633 / SU Rfree: 0.0555 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1748 1687 2 %RANDOM
Rwork0.1473 ---
obs0.1479 84451 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.67 Å2 / Biso mean: 18.796 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→55.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3549 0 53 301 3903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.9865347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4455494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92224.372183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93915727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5291521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213105
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.9133955
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.134597
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.68654069
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 125 -
Rwork0.21 5917 -
all-6042 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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