PDB-4q7q: The crystal structure of a possible lipase from Chitinophaga pine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q7q

タイトル

The crystal structure of a possible lipase from Chitinophaga pinensis DSM 2588

要素

Lipolytic protein G-D-S-L family

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / protein structure initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / Lipolytic protein G-D-S-L family

機能・相同性情報

生物種

Chitinophaga pinensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.451 Å

データ登録者

Tan, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible lipase from Chitinophaga pinensis DSM 2588
著者: Tan, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q7q.cif.gz	234.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q7q.ent.gz	189.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q7q_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q7q_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	4q7q_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	4q7q_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5of1-1 2hb8-d 1tky-d 6eu7-2 2osv-2 3vhw-d 6b33-1 5ntp-d 3b0w-1 6fgq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113029

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipolytic protein G-D-S-L family

B: Lipolytic protein G-D-S-L family

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipolytic protein G-D-S-L family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipolytic protein G-D-S-L family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.611, 80.611, 93.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Lipolytic protein G-D-S-L family 分子量: 30013.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-282 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis (バクテリア) 株: DSM 2588 / 遺伝子: Cpin_6674 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: C7PNH7
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES:NaOH, 30% (v/v) PEG 400, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30.2 Å / Num. all: 104383 / Num. obs: 104383 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 46.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5192 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.451→30.2 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1897	5213	5 %	random
R_work	0.1532	-	-	-
obs	0.155	104334	99.63 %	-
all	-	104334	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.451→30.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4089	0	27	460	4576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4238
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	5768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.181	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.451-1.4678	0.2482	151	0.181	3046	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4678-1.4851	0.2445	197	0.174	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4851-1.5032	0.2072	173	0.1582	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5032-1.5222	0.2326	160	0.1495	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5222-1.5422	0.1922	161	0.142	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5422-1.5634	0.2049	186	0.1422	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5634-1.5857	0.1978	162	0.1415	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6094	0.2157	177	0.1437	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6094-1.6345	0.206	184	0.1393	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6345-1.6613	0.1963	169	0.1399	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6613-1.69	0.1985	168	0.1367	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.7207	0.2069	160	0.1335	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7207-1.7538	0.1991	175	0.1298	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7538-1.7896	0.1757	199	0.1291	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8285	0.1789	166	0.1345	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8285-1.871	0.1951	158	0.1369	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.9178	0.209	160	0.1405	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9178-1.9697	0.1815	164	0.1433	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0276	0.2067	188	0.1456	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0276-2.0931	0.1916	172	0.1515	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0931-2.1679	0.1849	176	0.1541	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1679-2.2547	0.1788	167	0.1498	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.3573	0.188	194	0.1524	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3573-2.4815	0.1855	177	0.1523	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4815-2.6369	0.182	185	0.1587	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6369-2.8405	0.1999	164	0.1655	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8405-3.1262	0.1934	163	0.1657	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1262-3.5782	0.2058	195	0.1651	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5782-4.5067	0.1779	190	0.1488	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5067-36.0614	0.1658	172	0.1639	3290	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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