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万見
- PDB-4q7f: 1.98 Angstrom Crystal Structure of Putative 5'-Nucleotidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q7f
タイトル1.98 Angstrom Crystal Structure of Putative 5'-Nucleotidase from Staphylococcus aureus in complex with Adenosine.
要素5' nucleotidase family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 5'-nucleotidase / C-terminal domain / phosphoesterase / metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidase activity / nucleotide catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3D1 / : / Bifunctional metallophosphatase/5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.98 Angstrom Crystal Structure of Putative 5'-Nucleotidase from Staphylococcus aureus in complex with Adenosine.
著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5' nucleotidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9714
ポリマ－60,6411
非ポリマー3303
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.584, 86.452, 95.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-966-

HOH

21A-1031-

HOH

31A-1075-

HOH

41A-1076-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 5' nucleotidase family protein


分子量: 60640.652 Da / 分子数: 1 / 断片: Putative 5'-Nucleotidase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SACOL0130, SAOUHSC_00107 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q5HJM3, UniProt: Q2G1L5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-3D1 / (2R,3S,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)furan-3-ol / 2'-DEOXYADENOSINE / 2′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Protein: 7.0 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, Tris-HCl pH 7.2, 0.5 mM TCEP, 1 mM Adenosine; Screen: PEGs II (D1), 0.1M Sodium acetate, 0.1M Sodium HEPES, 22% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 7.0 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, Tris-HCl pH 7.2, 0.5 mM TCEP, 1 mM Adenosine; Screen: PEGs II (D1), 0.1M Sodium acetate, 0.1M Sodium HEPES, 22% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 44896 / Num. obs: 44896 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2238 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3QFK

3qfk


解像度: 1.98→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.663 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21788 2236 5 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.18846 42209 97.96 %-
all-42209 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å20.88 Å2
2--5.7 Å20 Å2
3----4.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 20 380 4492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9545940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74639136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1165537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56624.786234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.59815669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4161522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1541.5022109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1541.5022108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8752.252659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8752.252660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4231.692246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4221.692246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2182.4843282
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.30813.6215279
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.14313.0115122
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 180 -
Rwork0.326 3073 -
obs-3073 97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46920.5534-0.14870.7461-0.04440.6765-0.17640.016-0.00260.00810.0628-0.08040.02490.00460.11360.10250.08470.02460.08260.01740.0663-33.723131.206299.3925
21.5356-0.3596-0.56420.81610.24011.3497-0.0971-0.29020.23450.11770.1351-0.1603-0.0820.1255-0.0380.12120.1122-0.02190.1476-0.02840.1409-29.6540.1148113.3138
32.1762-0.36520.00510.5510.25211.3021-0.11520.0886-0.1512-0.04120.0097-0.060.0937-0.02810.10550.13370.04970.02910.08240.01480.072-40.834931.061795.8146
40.7954-0.1644-0.53682.16330.74651.1457-0.03140.1386-0.0279-0.09720.05470.17630.0196-0.1705-0.02330.11970.10510.01840.18950.02140.0865-60.943944.3453106.6494
52.097-1.13610.42912.95490.13071.2950.0320.16370.1448-0.03230.0091-0.09830.0370.1061-0.04110.12020.14370.04240.18960.03620.124-57.093559.0973106.2002
61.7170.2871-0.83482.7952-0.18692.4944-0.02970.00490.08080.186-0.09010.18710.0799-0.05620.11980.13240.12650.06130.16890.0210.0997-60.098544.2702117.0322
73.96333.789-1.911911.1925-2.71491.1436-0.29480.44850.2056-0.75950.41951.06470.128-0.3537-0.12470.12650.0765-0.08460.2506-0.030.1903-70.487848.9161102.4288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3A264 - 315
4X-RAY DIFFRACTION4A316 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5A390 - 449
6X-RAY DIFFRACTION6A450 - 495
7X-RAY DIFFRACTION7A496 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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