PDB-4q7a: Crystal Structure of N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine Deacetyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q7a

タイトル

Crystal Structure of N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine Deacetylase from Sphaerobacter thermophilus

要素

N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta fold / alpha-beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.048 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine Deacetylase from Sphaerobacter thermophilus
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q7a.cif.gz	547.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q7a.ent.gz	452.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q7a_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q7a_full_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示
XML形式データ	4q7a_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	4q7a_validation.cif.gz	91.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6lrg-1 1ikw-2 6dcq-d 30217 6olp-d 30216 6o2a-d 5fuu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100723

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

B: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

C: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

D: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

B: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

C: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

D: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

ヘテロ分子

A: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

B: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

C: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

D: N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
314 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.540, 119.540, 119.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

#1: タンパク質	N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase 分子量: 39103.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_0214 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: D1C6B5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M litium sulfate, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 20 %(w/v) PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 105065 / Num. obs: 105065 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 21.67 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5166 / R_sym value: 0.562 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.048→48.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.61 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	5145	5.04 %	random
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.156	102060	96.96 %	-
all	-	102060	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.048→48.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10391	0	45	1068	11504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	14645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.679	3845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1931

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.0479-2.0832	0.2303	183	0.1981	3414	3597	65
2.0832-2.1211	0.2172	220	0.1954	4298	4518	82
2.1211-2.1619	0.2285	245	0.1952	4646	4891	89
2.1619-2.206	0.2134	258	0.1897	4799	5057	92
2.206-2.254	0.2168	253	0.1861	4924	5177	93
2.254-2.3064	0.211	244	0.181	4915	5159	94
2.3064-2.3641	0.2105	282	0.1772	4937	5219	94
2.3641-2.428	0.1936	264	0.1748	4965	5229	95
2.428-2.4995	0.1909	274	0.175	4953	5227	94
2.4995-2.5801	0.1955	258	0.1769	4981	5239	95
2.5801-2.6723	0.2092	270	0.1737	4985	5255	95
2.6723-2.7793	0.1977	263	0.1713	5010	5273	95
2.7793-2.9058	0.204	264	0.1695	4963	5227	95
2.9058-3.059	0.1803	256	0.1607	5002	5258	95
3.059-3.2506	0.1897	249	0.1539	5009	5258	95
3.2506-3.5015	0.1573	229	0.1463	5033	5262	96
3.5015-3.8537	0.146	265	0.1332	5034	5299	95
3.8537-4.4111	0.1214	269	0.1126	4976	5245	95
4.4111-5.5562	0.1266	273	0.1223	5012	5285	95
5.5562-48.7264	0.1745	286	0.1564	5082	5368	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8578	0.018	0.334	1.2055	-0.4981	1.5027	0.1019	-0.0616	0.0301	-0.0274	-0.0717	0.1348	-0.059	-0.2064	-0.0019	0.1334	-0.0197	0.0113	0.1223	0.001	0.1035	-28.1818	40.5508	26.4667
2	1.1059	0.407	-0.2465	1.2765	-0.2562	0.7908	0.1252	-0.2109	-0.1072	0.0693	-0.1201	0.0641	-0.0506	0.0786	-0.0208	0.1378	-0.0015	0.0097	0.1254	0.0004	0.1237	10.4017	50.2257	21.6686
3	1.0653	0.4765	-0.0838	0.3154	-0.1523	0.152	0.176	-0.1806	-0.0743	0.0547	-0.1005	-0.1104	0.0448	0.1209	-0.0375	0.192	-0.0671	0.0139	0.163	0.0088	0.1395	-14.9745	37.9044	33.3036
4	1.0163	0.0816	-0.5509	0.7623	-0.013	1.3721	-0.036	-0.008	0.1396	-0.064	0.0436	0.0745	-0.1804	-0.0819	0.0228	0.1216	-0.0167	-0.0059	0.1443	0.0065	0.1061	19.3024	87.9931	-41.2349
5	1.072	0.1935	-0.2151	1.1438	-0.1622	0.9774	-0.0529	0.106	-0.0125	-0.1253	0.0564	-0.078	-0.0489	0.0245	-0.0044	0.1451	-0.0039	-0.009	0.1533	0.0151	0.1367	9.5611	49.0494	-36.3827
6	0.385	0.5131	-0.3125	0.574	-0.3354	0.1284	-0.1585	0.0471	0.0298	-0.2847	0.173	0.0309	0.1756	-0.0825	-0.028	0.2214	-0.0835	0.0324	0.2126	0.0149	0.1794	17.6524	69.61	-49.6947
7	0.9328	-0.2889	-0.2408	1.0809	0.1391	1.2815	-0.1781	-0.0279	-0.0968	-0.1107	0.1353	-0.0485	-0.0215	0.0493	-0.0207	0.1408	-0.0732	0.013	0.1787	0.0165	0.0971	26.6205	80.8322	-45.8893
8	1.13	-0.0932	0.4981	0.9589	0.0348	1.1138	-0.0117	-0.1811	-0.1261	0.1763	0.0695	0.1497	0.033	-0.3955	-0.0064	0.1756	0.0091	0.013	0.228	0.0399	0.1599	-11.0519	25.0351	-2.3224
9	0.6671	-0.1694	-0.1043	0.6564	0.0499	1.1813	0.0744	0.0074	-0.1034	0.0824	-0.1099	-0.0514	0.1152	0.0993	-0.0061	0.1717	0.0357	-0.0107	0.1431	0.0382	0.1263	2.5947	26.1613	-4.2612
10	1.4397	-0.093	0.1137	2.8074	-0.0051	1.2312	-0.024	0.0883	0.2966	-0.1065	-0.0993	-0.0677	-0.2866	0.168	-0.0096	0.1773	0.0335	-0.0206	0.1802	0.0393	0.1573	17.8165	56.2608	-22.3031
11	0.4773	-0.33	0.1797	0.89	-0.4539	0.6162	-0.0699	-0.0236	0.0017	0.0226	0.0548	-0.0497	-0.0297	0.0627	0.0287	0.1043	0.0457	0.0041	0.1822	0.0075	0.1236	16.0579	40.0796	-19.9688
12	0.9079	0.3337	0.1296	0.5593	0.0267	0.4259	0.1743	0.0305	-0.2816	0.0114	-0.1183	-0.0325	0.3191	0.1238	-0.0373	0.2318	0.0812	-0.0081	0.1967	0.0473	0.2222	5.3555	16.6436	-9.2966
13	0.9363	-0.3286	0.333	0.7527	-0.3583	0.8115	0.1669	0.2614	-0.467	-0.0519	-0.0652	0.0076	0.3841	0.0684	-0.0091	0.2347	-0.002	-0.0439	0.0977	0.0008	0.2441	-5.7033	16.4799	-9.3027
14	0.8958	0.0263	-0.2726	1.2002	0.4881	1.3148	0.0172	0.1033	0.0389	-0.1486	-0.0034	-0.0811	-0.1729	0.027	0.0009	0.1754	0.0201	0.0304	0.1704	0.024	0.146	34.4015	66.8529	-11.881
15	2.2162	-0.6789	0.1273	0.7567	-0.0312	0.8941	-0.0472	0.0253	-0.1571	0.0201	-0.0105	0.0436	0.2715	-0.0888	0.0386	0.222	0.0163	0.0298	0.0791	-0.0054	0.0863	15.2443	42.3321	8.5006
16	0.7389	0.161	-0.5168	0.7551	0.0149	0.5382	0.1771	0.1057	0.0629	-0.1221	-0.1408	-0.0752	0.0927	0.0196	0.0118	0.1914	0.0499	0.0397	0.1391	0.0298	0.1308	19.8563	47.0154	3.1876
17	0.7199	0.3067	-0.1792	0.9155	0.0025	0.4638	-0.0023	0.0076	-0.0699	0.0342	0.0241	-0.2182	0.0869	0.2183	-0.0259	0.1628	0.073	0.0118	0.2292	0.0243	0.161	36.987	50.7988	-4.1482
18	0.889	-0.3007	-0.5352	0.9387	0.2989	1.0438	-0.0653	-0.0847	0.0843	0.0866	0.1055	-0.3657	0.0325	0.2573	0.0004	0.1874	-0.0042	0.0233	0.2232	-0.0165	0.2189	41.3081	66.5401	-2.6437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 164 through 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 258 through 361 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 164 through 257 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 258 through 313 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 314 through 361 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 10 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 124 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 166 through 185 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 186 through 265 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 266 through 313 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 314 through 361 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 9 through 165 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 166 through 209 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 210 through 249 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 250 through 313 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 314 through 353 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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