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万見
- PDB-4q6v: LpoB C-terminal domain from Salmonella enterica (Sel-Met) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q6v
タイトルLpoB C-terminal domain from Salmonella enterica (Sel-Met)
要素Penicillin-binding protein activator LpoB
キーワードPROTEIN BINDING / mixed alpha-beta / Lipoprotein / Activator of PBP1b / PBP1b / lipidation / outer-membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein activator LpoB / Peptidoglycan-synthase activator LpoB / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein activator LpoB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者King, D.T. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into the Lipoprotein Outer Membrane Regulator of Penicillin-binding Protein 1B.
著者: King, D.T. / Lameignere, E. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月23日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5951
ポリマ－14,5951
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.350, 37.930, 98.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoB / PBP activator LpoB


分子量: 14594.638 Da / 分子数: 1 / 断片: LpoB C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: lpoB, STM1207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZQ08
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M NaAc pH4.6, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→49.3 Å / Num. all: 8231 / Num. obs: 8206 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASEREP位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29029 381 4.6 %RANDOM
Rwork0.22024 ---
obs0.22328 7824 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2---3.08 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数995 0 0 27 1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.9681362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27432247
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5562.664539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5452.662538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7793.984672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7773.987673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8443.144466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.843.148467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0684.536691
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.69128.349780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.69128.367780
LS精密化 シェル解像度: 1.974→2.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 32 -
Rwork0.28 537 -
obs--97.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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