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万見
- PDB-4q67: Staphylococcus aureus F98Y mutant dihydrofolate reductase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q67
タイトルStaphylococcus aureus F98Y mutant dihydrofolate reductase complexed with NADPH
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus MUF168 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Reeve, S.M. / Anderson, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Protein design algorithms predict viable resistance to an experimental antifolate.
著者: Reeve, S.M. / Gainza, P. / Frey, K.M. / Georgiev, I. / Donald, B.R. / Anderson, A.C.
履歴
登録2014年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1482
ポリマ－18,4051
非ポリマー7431
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.260, 79.260, 107.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18405.027 Da / 分子数: 1 / 変異: F98Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus MUF168 (黄色ブドウ球菌)
株: ATCC 43300 / 遺伝子: dfrB, SaDHFR, Y000_11620 / プラスミド: pET-41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W7NDF6, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.1M MES, 0.15%, 13% PEG 10,000, gamma-butyrolacetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月11日 / 詳細: Varimax optics
放射モノクロメーター: Copper Anode / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→42.3 Å / Num. all: 13109 / Num. obs: 12466 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.22 % / Biso Wilson estimate: 26.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 1044 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1286 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3FQO

3fqo


解像度: 2.04→37.18 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / σ(I): 2.1 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 643 4.91 %Random
Rwork0.1752 ---
obs0.1779 12466 98.74 %-
all-13109 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→37.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 48 103 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2051893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.638519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.04-2.19750.24761370.17772422242299
2.1975-2.41860.24961180.18722422242298
2.4186-2.76840.24841230.19262459245999
2.7684-3.48750.23871470.1882491249199
3.4875-37.18660.21191180.15812672267299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.7573 Å / Origin y: 27.4759 Å / Origin z: 3.2776 Å
111213212223313233
T0.189 Å2-0.0021 Å20.0293 Å2-0.115 Å20.0169 Å2--0.1518 Å2
L1.7311 °2-0.9195 °2-0.2696 °2-1.694 °20.2864 °2--1.5427 °2
S0.0952 Å °0.1181 Å °0.0889 Å °-0.1817 Å °-0.0527 Å °-0.0034 Å °-0.2498 Å °-0.0105 Å °-0.0315 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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