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- PDB-4q60: Crystal structure of a 4-hydroxyproline epimerase from Burkholder... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q60
タイトルCrystal structure of a 4-hydroxyproline epimerase from Burkholderia Multivorans atcc 17616, target EFI-506586, open form, with bound pyrrole-2-carboxylate
要素PROLINE RACEMASE
キーワードISOMERASE / PROLINE RACEMASE FAMILY / PROBABLE PROLINE RACEMASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyproline epimerase / 4-hydroxyproline epimerase activity
類似検索 - 分子機能
Proline racemase family / Proline racemase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 4-hydroxyproline 2-epimerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA MULTIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF PROLINE RACEMASE Bmul_4447 FROM Burkholderia multivorans, TARGET EFI-506586
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLINE RACEMASE
B: PROLINE RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0405
ポリマ－70,7272
非ポリマー3123
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.749, 95.053, 126.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.140361, 0.990098, -0.002206), (0.98995, 0.140378, 0.017105), (0.017245, 0.000217, -0.999851)-24.21546, 20.39641, 31.54377

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要素

#1: タンパク質 PROLINE RACEMASE


分子量: 35363.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA MULTIVORANS (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 遺伝子: BMUL_4447 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3D6W2, proline racemase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト


分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN (10 MM TRIS, 150 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT); RESERVOIR (0.1 M IMIDAZOLE:HCL, PH 8.0, 1 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC (MCSG3 A4), CRYOPROTECTION: (RESERVOIR), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: PROTEIN (10 MM TRIS, 150 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT); RESERVOIR (0.1 M IMIDAZOLE:HCL, PH 8.0, 1 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC (MCSG3 A4), CRYOPROTECTION: (RESERVOIR), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月17日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL SAGITTAL FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 58519 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.412 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K7X

4k7x


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 9.398 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21488 1801 3.1 %RANDOM
Rwork0.16874 ---
obs0.17019 56649 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å20 Å2-0 Å2
2---2.28 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 0 22 450 5093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1611.956568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.689310364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4755638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.07722.512207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82715707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8221543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.6646.4292516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.6656.4262515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.2779.5533148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.2769.5573149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.6017.6352304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.5987.6372305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.82910.9063415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.01125.0455550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.0125.0495551
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 104 -
Rwork0.275 4002 -
obs--96.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95180.33671.08960.33870.36131.8266-0.03150.2490.0684-0.1870.0074-0.0134-0.17320.2870.02410.20670.02820.04350.13510.03260.0172-10.3253-5.372527.0563
20.21230.0261-0.33351.0547-0.7753.07030.013-0.18360.08310.17090.0718-0.1101-0.36860.2943-0.08480.1332-0.0107-0.02350.1817-0.07560.0539-27.611110.10883.9813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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