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- PDB-4q5y: Crystal structure of extended-Tudor 10-11 of Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q5y
タイトルCrystal structure of extended-Tudor 10-11 of Drosophila melanogaster
要素Maternal protein tudor
キーワードTRANSCRIPTION / tudor domain / recognize sDMA of Aubergine / sDMA of Aubergine / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial RNA localization / pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / pole plasm / methylation-dependent protein binding / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / secondary piRNA processing ...mitochondrial RNA localization / pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / pole plasm / methylation-dependent protein binding / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / secondary piRNA processing / intracellular mRNA localization / P granule / oogenesis / germ cell development / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, H. / Ren, R. / Wang, W. / Wang, M. / Yang, N. / Dong, Y. / Gong, W. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Structure and domain organization of Drosophila Tudor
著者: Ren, R. / Liu, H. / Wang, W. / Wang, M. / Yang, N. / Dong, Y.H. / Gong, W. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
履歴
登録2014年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3231
ポリマ－40,3231
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Maternal protein tudor

A: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6472
ポリマ－80,6472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.247, 125.441, 151.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein tudor


分子量: 40323.484 Da / 分子数: 1 / 断片: extended-Tudor 10-11, UNP residues 2164-2515 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG9450, tud, tudor / プラスミド: pET28-smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: P25823
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 13994 / Num. obs: 13606 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 536 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NTK

3ntk


解像度: 3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.271 676 RANDOM
Rwork0.236 --
all0.236 13994 -
obs0.236 12930 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 0 56 2729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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