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- PDB-4q5w: Crystal structure of extended-Tudor 9 of Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q5w
タイトルCrystal structure of extended-Tudor 9 of Drosophila melanogaster
要素Maternal protein tudor
キーワードTRANSCRIPTION / tudor domain / recognize sDMA of Aubergine / sDMA of Aubergine / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / methylation-dependent protein binding / pole plasm / secondary piRNA processing / pole plasm assembly / P granule organization / pole cell formation / piRNA processing ...pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / methylation-dependent protein binding / pole plasm / secondary piRNA processing / pole plasm assembly / P granule organization / pole cell formation / piRNA processing / intracellular mRNA localization / P granule / oogenesis / germ cell development / spermatogenesis / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal protein tudor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Ren, R. / Liu, H. / Wang, W. / Wang, M. / Yang, N. / Dong, Y. / Gong, W. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Structure and domain organization of Drosophila Tudor
著者: Ren, R. / Liu, H. / Wang, W. / Wang, M. / Yang, N. / Dong, Y.H. / Gong, W. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein tudor
B: Maternal protein tudor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8193
ポリマ－41,5802
非ポリマー2381
水9,350519
1
A: Maternal protein tudor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0282
ポリマ－20,7901
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7901
ポリマ－20,7901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.230, 105.678, 52.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein tudor


分子量: 20790.104 Da / 分子数: 2 / 断片: extended-Tudor 9, UNP residues 1978-2160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG9450, tud, tudor / プラスミド: pET28-smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: P25823
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.04M ammonium sulphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, 22.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 36917 / Num. obs: 36887 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3693 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→36.957 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 1860 5.05 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1824 36854 99.63 %-
all-36917 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→36.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 15 519 3429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9461189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8006-1.84920.27681530.2215258296
1.8492-1.90360.271240.21312712100
1.9036-1.96510.25181430.20852723100
1.9651-2.03530.25771350.19712690100
2.0353-2.11680.23251390.18872691100
2.1168-2.21310.24961440.18312663100
2.2131-2.32980.2341460.19072731100
2.3298-2.47570.24741450.18942672100
2.4757-2.66680.26191480.19872701100
2.6668-2.93510.26421280.1992724100
2.9351-3.35960.2171480.18412678100
3.3596-4.23170.19581530.15592693100
4.2317-36.9650.18831540.15222734100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.139-1.22230.08542.1189-0.21870.37890.0062-0.0466-0.0568-0.04870.01530.05120.0267-0.005-0.01970.0802-0.02260.00370.13290.00440.1002-0.05080.22531.5035
20.57240.3241-0.18181.7025-1.11431.57690.0233-0.02070.06910.03710.02910.0739-0.08650.0022-0.03820.12180.0051-0.01040.1284-0.01550.114112.6878-42.377524.6003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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