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- PDB-4q5o: Crystal structure of EctD from S. alaskensis with 2-oxoglutarate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q5o
タイトルCrystal structure of EctD from S. alaskensis with 2-oxoglutarate and 5-hydroxyectoine
要素Ectoine hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / jelly-roll or cupin fold / ectoine hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoine hydroxylase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ectoine dioxygenase / q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6CS / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Ectoine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Hoeppner, A. / Widderich, N. / Bremer, E. / Smits, S.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the ectoine hydroxylase, a snapshot of the active site.
著者: Hoppner, A. / Widderich, N. / Lenders, M. / Bremer, E. / Smits, S.H.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectoine hydroxylase
B: Ectoine hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1738
ポリマ－70,4532
非ポリマー7206
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.004, 87.076, 94.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ectoine hydroxylase


分子量: 35226.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
株: DSM 13593 / LMG 18877 / RB2256 / 遺伝子: Sala_2952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GNW5
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-6CS / (4S,5S)-5-HYDROXY-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 5-ヒドロキシエクトイン


分子量: 158.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Ca-acetate, 30% (w/v) PEG 400 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.64→30 Å / Num. all: 20291 / Num. obs: 20236 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.64→2.74 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MHR

4mhr


解像度: 2.64→30 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2786 1035 5.12 %random
Rwork0.2063 ---
all0.21 20291 --
obs0.21 20233 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4396 0 44 29 4469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9726232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1811670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6401-2.77930.3691490.30212672X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.95340.35661490.26432684X-RAY DIFFRACTION100
2.9534-3.18140.35351550.24372706X-RAY DIFFRACTION100
3.1814-3.50140.33671440.23092733X-RAY DIFFRACTION100
3.5014-4.00760.25651390.19842746X-RAY DIFFRACTION100
4.0076-5.04770.25831430.16912767X-RAY DIFFRACTION100
5.0477-40.94090.22891560.1922890X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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