PDB-4q51: Crystal structure of a putative molybdenum cofactor biosynthesis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q51

タイトル

Crystal structure of a putative molybdenum cofactor biosynthesis protein F from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / MoaF

機能・相同性

Molybdenum cofactor biosynthesis protein F, N-terminal / MoaF, C-terminal domain / MoaF N-terminal domain / MoaF C-terminal domain / Calycin / metal ion binding / Molybdenum cofactor biosynthesis protein F

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative molybdenum cofactor biosynthesis protein F from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q51.cif.gz	221.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q51.ent.gz	178.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q51_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q51_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	4q51_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	4q51_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k0t-2 4dlp-2 1m7x-3 4q4l-d 3hur-d 5jnh-d 6mfm-d 1exc-d 4dlp-3 3sp1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc110281

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.402, 46.163, 77.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 31239.619 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 41-314 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BCAM2002 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: B4EN46
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M Tris-HCl, 25 % (w/v) PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 37347 / Num. obs: 37347 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.869 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20871	1869	5 %	RANDOM
R_work	0.16028	-	-	-
obs	0.16274	35312	95.87 %	-
all	-	35312	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.182 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4113	0	2	474	4589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.789	1.945	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3	8996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.338	5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.17	22.736	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.449	15	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.509	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.198	1.379	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.197	1.378	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.839	2.059	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.839	2.06	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.139	1.636	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.138	1.638	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.391	2.365	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.009	13.06	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.801	12.295	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.944 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	121	-
R_work	0.177	2385	-
obs	-	-	87.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8802	0.4055	1.7712	1.2726	0.0874	1.8307	-0.0439	0.0631	0.1372	0.1886	-0.0397	0.2299	-0.0406	0.1382	0.0836	0.0622	0.0232	0.0379	0.0657	-0.0214	0.0776	7.0288	25.9454	60.6073
2	0.993	0.2299	-0.161	0.3526	0.5315	1.2938	0.0507	-0.1156	-0.0871	0.0495	-0.1097	0.0415	0.1105	-0.1429	0.059	0.0386	-0.0164	0.0003	0.0504	0.0061	0.0657	-4.5662	4.3553	53.1136
3	0.9682	0.4782	0.3563	0.2413	0.1801	0.1351	0.0598	-0.0471	-0.0449	0.0293	-0.0436	-0.0172	0.0262	-0.0344	-0.0162	0.0601	0.0013	0.0001	0.0837	-0.0032	0.0176	3.9148	10.6665	52.6607
4	1.7696	-0.348	1.2288	0.1665	-0.0489	1.2403	0.0654	-0.1441	-0.2381	0.0453	0.0508	0.0596	0.1574	-0.0623	-0.1161	0.0565	-0.0029	-0.0098	0.0212	0.0205	0.0945	25.1309	7.2091	65.2881
5	0.7384	0.1877	0.2256	0.0746	0.0357	0.1007	-0.0298	0.0528	0.0337	0.0104	0.015	0.0005	0.0009	0.012	0.0147	0.0542	-0.0025	-0.0036	0.0516	0.0046	0.0325	14.4396	19.1581	50.5814
6	1.848	2.0101	-1.1936	2.2007	-1.1854	1.7016	0.011	0.0706	0.0147	0.0235	0.0904	0.0076	0.0474	0.0447	-0.1014	0.0474	0.0278	0.0176	0.035	-0.0006	0.045	45.1968	13.8612	53.9062
7	4.7589	-1.7694	-2.4746	1.805	2.5258	3.5418	-0.0018	0.1899	0.0076	0.0194	-0.0015	-0.0032	0.0028	-0.0031	0.0033	0.0827	-0.0114	-0.0102	0.029	0.0029	0.0138	59.455	34.5031	67.8665
8	0.4454	-1.0114	0.2381	2.3449	-0.7361	2.3262	-0.0534	-0.0652	-0.0553	0.1374	0.1886	0.1427	0.077	0.144	-0.1352	0.0516	0.0207	0.0132	0.1033	0.0071	0.0168	57.9084	29.421	67.5159
9	0.3541	0.1542	0.3481	0.0793	0.1677	0.3662	0.0257	-0.0797	-0.0283	0.0006	-0.0083	-0.0124	0.005	-0.0441	-0.0174	0.0637	-0.0156	-0.0005	0.0713	0.0199	0.0302	44.0071	25.4866	69.0813
10	0.6145	0.2501	0.1073	0.1555	-0.0603	0.2276	-0.0188	0.0361	0.0157	0.0058	0.0207	0.0136	-0.0128	-0.0069	-0.0019	0.0533	0.0011	0.0062	0.0377	0.0035	0.0363	40.1527	27.6524	57.2372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	154 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	176 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 63
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	90 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	167 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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