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- PDB-4q4l: Crystal structure of an ATP synthase subunit beta 1 (F1-B1) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q4l
タイトルCrystal structure of an ATP synthase subunit beta 1 (F1-B1) from Burkholderia thailandensis
要素ATP synthase subunit beta 1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ATP-binding / metal ion binding / heterooligomeric protein complex / multidomain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #170 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / : / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain ...Thrombin, subunit H - #170 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / : / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta 1
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of an ATP synthase subunit beta 1 (F1-B1) from Burkholderia thailandensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2014年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit beta 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9932
ポリマ－52,9701
非ポリマー231
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.420, 97.990, 127.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATP synthase subunit beta 1 / ATP synthase F1 sector subunit beta 1 / F-ATPase subunit beta 1


分子量: 52970.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: aptD1, atpD1, BTH_I3308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2STE9, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: ButhA.17369.c.A1.PW35952 at 19.9 mg/mL with 1 mM MnCl2 and 1 mM ATPgS against PACT screen condition B5, 0.1 M MIB buffer pH 8.0, 25% PEG 1500 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, ...詳細: ButhA.17369.c.A1.PW35952 at 19.9 mg/mL with 1 mM MnCl2 and 1 mM ATPgS against PACT screen condition B5, 0.1 M MIB buffer pH 8.0, 25% PEG 1500 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 242856b5, unique tracking ID ppm0-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 29798 / Num. obs: 29756 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 50.869 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 22.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.260.5413.4913285216199.9
2.26-2.320.4324.33128112085100
2.32-2.390.3475.32128762089100
2.39-2.460.2686.74121761984100
2.46-2.540.2327.7311842192499.9
2.54-2.630.1791011531187899.9
2.63-2.730.14711.8811136181199.9
2.73-2.840.11814.3110880177399.9
2.84-2.970.08818.1310166165899.9
2.97-3.110.06822.549803160699.9
3.11-3.280.05328.129434154899.9
3.28-3.480.04134.158814145799.9
3.48-3.720.03341.748153136699.9
3.72-4.020.03146.2675511282100
4.02-4.40.02751.5769691195100
4.4-4.920.02554.6762731095100
4.92-5.680.02353.745544968100
5.68-6.960.02354.784615821100
6.96-9.840.0257.63589676100
9.840.01953.4163837993.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3oaa

3oaa


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2327 / WRfactor Rwork: 0.1901 / FOM work R set: 0.8186 / SU B: 11.525 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2048 / SU Rfree: 0.1814 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 1462 4.9 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1959 29696 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.56 Å2 / Biso mean: 56.812 Å2 / Biso min: 29.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.96 Å2-0 Å20 Å2
2---0.52 Å2-0 Å2
3----2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 1 110 3312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9824440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80437145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8025436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80324.206126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01315522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3911520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4183.9811744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4173.981743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6685.9492174
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 115 -
Rwork0.248 2040 -
all-2155 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4404-0.5719-1.42313.79710.18033.6856-0.10310.7253-0.3274-0.0165-0.1022-0.27280.33680.1670.20530.26630.06310.0430.3503-0.11540.136940.889349.7535-3.5219
20.9751-1.0608-0.40532.74991.02061.13490.03460.01350.0135-0.06850.0581-0.39320.08210.1492-0.09270.16820.02310.04450.0255-0.00740.099134.225568.094915.8906
30.5322-0.6901-0.33273.0630.98021.4244-0.016-0.05090.2010.09880.1338-0.4226-0.1630.11-0.11780.1412-0.0186-0.00140.0118-0.02370.093828.033992.416426.9923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A93 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3A299 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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