PDB-4q3v: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3v

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor BEC

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginine catabolic process to ornithine / arginase activity / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PHASER / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3v.cif.gz	276.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3v.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q3v_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3v_full_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示
XML形式データ	4q3v_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	4q3v_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3qC 4q3rC 4q3sC 4q3tC 4q3uC 4q40C 4q41C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3t-1 4q3u-3 4q41-1 4q3s-1 4q3p-3 4q3u-1 4q41-2 4q3p-2 4q42-3 4q3s-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.392, 178.392, 178.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-546- HOH
2	1	A-599- HOH
3	1	C-562- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-S2C / S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 210.036 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃BNO₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 4% v/v Tacsimate, pH 7.0, 12% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 52114 / Num. obs: 51489 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	3.6	0.655	5118	0.655	1	99.7
2.8-2.91	3.7	0.526	5171	0.526	1	99.7
2.91-3.04	3.7	0.403	5149	0.403	1	99.5
3.04-3.2	3.8	0.31	5149	0.31	1	99.8
3.2-3.4	3.9	0.227	5139	0.227	1	99.6
3.4-3.66	3.9	0.161	5177	0.161	1	99.4
3.66-4.03	4	0.126	5148	0.126	1	99.2
4.03-4.6	4.1	0.104	5171	0.104	1	98.8
4.62-5.81	4.1	0.1	5123	0.1	1	97.7
5.81-50	4.2	0.08	5144	0.08	1	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.7→49.477 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	2636	5.12 %	RANDOM
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1698	51451	98.79 %	-
all	-	51457	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10303	0	83	353	10739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	14305
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.29	3943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1853

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7489	0.3124	157	0.2411	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7489-2.8018	0.2789	141	0.2262	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8018-2.859	0.2885	133	0.2222	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.859-2.9211	0.2828	147	0.2358	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9211-2.9891	0.2659	150	0.204	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9891-3.0638	0.244	145	0.2033	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0638-3.1466	0.2489	150	0.1899	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1466-3.2392	0.2454	150	0.1799	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2392-3.3437	0.2422	120	0.1888	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3437-3.4632	0.2521	136	0.1804	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4632-3.6018	0.2486	132	0.1787	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6018-3.7657	0.2259	141	0.1652	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7657-3.9641	0.2159	110	0.1475	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9641-4.2124	0.1955	146	0.1387	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2124-4.5374	0.1478	161	0.12	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5374-4.9937	0.1664	138	0.1189	2560	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9937-5.7153	0.1618	122	0.1398	2568	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7153-7.1972	0.1999	132	0.1657	2555	X-RAY DIFFRACTION	96
7.1972-49.4853	0.1829	125	0.1584	2582	X-RAY DIFFRACTION	93

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