PDB-4q3u: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3u

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor nor-NOHA

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3u.cif.gz	275.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3u.ent.gz	220.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q3u_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3u_full_validation.pdf.gz	500 KB	表示
XML形式データ	4q3u_validation.xml.gz	50.7 KB	表示
CIF形式データ	4q3u_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3qC 4q3rC 4q3sC 4q3tC 4q3vC 4q40C 4q41C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3t-1 4q3s-1 4q41-1 4q41-2 4q3v-3 4q42-3 4q42-4 4q42-2 4q3s-4 4q3q-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

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128 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	178.318, 178.318, 178.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH
2	1	A-640- HOH
3	1	B-597- HOH
4	1	C-546- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NNH / NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / N^ω-ヒドロキシノル-L-アルギニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 176.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₄O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M L-proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 65396 / Num. obs: 61734 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.59	3.6	0.715	2	5632	0.715	87
2.59-2.69	4.2	0.6	2.8	5770	0.6	88.8
2.69-2.82	4.6	0.446	4	5876	0.446	91.2
2.82-2.96	5	0.349	5.4	6023	0.349	92.7
2.96-3.15	5.3	0.261	7.8	6139	0.261	94.3
3.15-3.39	5.4	0.197	10.5	6157	0.197	94.8
3.39-3.73	5.5	0.149	11.9	6263	0.149	95.8
3.73-4.27	6.3	0.12	15.8	6519	0.12	99.5
4.27-5.38	9.8	0.095	23.7	6578	0.095	100
5.38-50	11.6	0.075	29.9	6777	0.075	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.5→49.457 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2252	3100	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1741	-	-	-
obs	0.1767	61299	93.82 %	-
all	-	61418	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.457 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10147	0	92	390	10629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	14155
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.704	3894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.539	0.2905	135	0.2172	2410	X-RAY DIFFRACTION	86
2.539-2.5806	0.2915	131	0.2216	2415	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5806-2.6251	0.2665	119	0.2234	2497	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6251-2.6728	0.3054	132	0.2213	2475	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6728-2.7242	0.3342	128	0.2301	2528	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7242-2.7798	0.3137	142	0.2263	2531	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7798-2.8402	0.2902	142	0.2111	2542	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8402-2.9063	0.3035	137	0.2256	2582	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9063-2.979	0.2852	133	0.2294	2610	X-RAY DIFFRACTION	93
2.979-3.0595	0.2924	121	0.2244	2631	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0595-3.1495	0.3298	139	0.2175	2640	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1495-3.2512	0.2986	139	0.2191	2619	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2512-3.3673	0.2776	126	0.2239	2630	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3673-3.5021	0.2848	141	0.2017	2650	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5021-3.6615	0.2605	135	0.1881	2639	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6615-3.8544	0.1985	155	0.1668	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8544-4.0958	0.1952	124	0.1546	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0958-4.4119	0.176	161	0.1305	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4119-4.8555	0.1672	180	0.1189	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8555-5.5573	0.1742	158	0.1305	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5573-6.9985	0.1767	160	0.1445	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9985-49.4662	0.1656	162	0.144	2961	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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