PDB-4q3s: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3s

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor ABHPE

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月1日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3s.cif.gz	290.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3s.ent.gz	232.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q3s_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3s_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4q3s_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	4q3s_validation.cif.gz	81 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3qC 4q3rC 4q3tC 4q3uC 4q3vC 4q40C 4q41C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q41-2 4q3v-3 4q3r-1 4q40-2 4q42-3 4q42-2 4q3u-1 4q42-4 4q3u-3 4q3t-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.212, 178.212, 178.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-534- HOH
2	1	A-550- HOH
3	1	B-528- HOH
4	1	B-530- HOH
5	1	C-505- HOH
6	1	C-541- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-X7A / [(5R)-5-amino-5-carboxy-7-(piperidin-1-yl)heptyl](trihydroxy)borate(1-) 分子量: 303.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₈BN₂O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.4, 12% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 108015 / Num. obs: 106395 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.11-2.27	5.3	0.757	2	10243	0.757	96.1
2.19-2.27	5.6	0.557	3	10356	0.557	96.1
2.27-2.38	5.7	0.458	3.7	10386	0.458	96.8
2.38-2.5	6	0.346	5.1	10466	0.346	98
2.5-2.66	6.3	0.274	6.6	10638	0.274	98.7
2.66-2.86	7	0.207	9.4	10715	0.207	99.5
2.86-3.15	8.4	0.164	13.1	10743	0.164	99.9
3.15-3.61	10.6	0.115	19.6	10850	0.115	100
3.61-4.54	15.5	0.086	28.6	10878	0.086	100
4.54-50	22	0.075	35.1	11120	0.075	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.11→49.427 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THOUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2061	5301	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1732	-	-	-
obs	0.1749	106337	98.5 %	-
all	-	106351	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→49.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10222	0	140	849	11211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	14350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.444	3996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1855

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.1341	0.2584	182	0.2322	3256	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1341-2.1592	0.3026	177	0.2249	3248	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1592-2.1855	0.2905	140	0.2185	3288	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1855-2.2132	0.2454	149	0.2121	3289	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2132-2.2423	0.2593	180	0.2041	3241	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2423-2.273	0.2473	192	0.195	3253	X-RAY DIFFRACTION	96
2.273-2.3055	0.221	180	0.1962	3270	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3055-2.3399	0.2353	179	0.2026	3294	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3399-2.3765	0.2393	150	0.1943	3333	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3765-2.4154	0.2397	174	0.1942	3318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4154-2.4571	0.2323	191	0.1911	3302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4571-2.5017	0.2217	154	0.1815	3330	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5017-2.5499	0.2247	187	0.1923	3370	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5499-2.6019	0.2569	159	0.1943	3351	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6019-2.6585	0.2178	188	0.1835	3385	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6585-2.7203	0.228	182	0.1916	3337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7203-2.7883	0.2277	179	0.1904	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7883-2.8637	0.2838	171	0.1855	3385	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8637-2.948	0.2355	170	0.1956	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.948-3.0431	0.2205	179	0.1861	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0431-3.1519	0.2507	184	0.187	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1519-3.278	0.2051	185	0.1791	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.278-3.4272	0.2016	162	0.1776	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4272-3.6078	0.1851	168	0.1645	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6078-3.8338	0.1942	199	0.1581	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8338-4.1297	0.1555	180	0.1487	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1297-4.545	0.1379	185	0.1293	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
4.545-5.202	0.1782	207	0.1365	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
5.202-6.5516	0.2059	166	0.1626	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5516-49.4407	0.1655	202	0.1597	3585	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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