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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q3r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor ABHDP | ||||||
![]() | (Arginase) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis. 著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 42283.293 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 661分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/XA2.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/XA2.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-CS / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-XA2 / ( #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-PGE / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC UNIT OF TWO PROTEINS WITH DISTINCT PATTERNS OF SIDE CHAIN ...THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.15 M cesium chloride, 13% w/v PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.169→50 Å / Num. all: 98198 / Num. obs: 96529 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 23.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P 解像度: 2.169→49.226 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.169→49.226 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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