PDB-4q3q: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3q

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor ABH

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginine catabolic process to ornithine / arginase activity / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3q.cif.gz	288.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3q.ent.gz	230.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q3q_validation.pdf.gz	489 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3q_full_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示
XML形式データ	4q3q_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	4q3q_validation.cif.gz	82 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3rC 4q3sC 4q3tC 4q3uC 4q3vC 4q40C 4q41C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3r-3 4q41-4 4q42-2 4q3t-2 4q3v-4 4q41-3 4q42-4 4q40-2 4q42-1 4q3s-3 4q3p-4 4q3s-2 4q40-4 4q42-3 4q41-2 4q3t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	178.224, 178.224, 178.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-604- HOH
2	1	A-609- HOH
3	1	A-610- HOH
4	1	B-621- HOH
5	1	B-624- HOH
6	1	B-625- HOH
7	1	B-781- HOH
8	1	C-544- HOH
9	1	C-577- HOH
10	1	C-685- HOH
11	1	D-517- HOH
12	1	D-523- HOH
13	1	D-579- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ABH / 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID / [(S)-5-アミノ-5-カルボキシペンチル]トリヒドロキシほう素アニオン分子量: 191.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅BNO₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12% w/v PEG3350, 4% v/v Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 126488 / Num. obs: 126488 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.07	9.8	0.831	3.1	12543	0.831	99.9
2.07-2.15	10	0.645	4	12546	0.645	100
2.15-2.25	10.3	0.471	5.5	12585	0.471	100
2.25-2.37	10.6	0.374	7.1	12553	0.374	100
2.37-2.52	10.8	0.287	9.2	12613	0.287	100
2.52-2.71	11	0.231	10.9	12586	0.231	100
2.71-2.99	11.2	0.178	13.5	12643	0.178	100
2.99-3.42	11.3	0.14	15.4	12654	0.14	100
3.42-4.31	11.1	0.105	17.4	12740	0.105	100
4.31-50	11.3	0.087	17.4	13025	0.087	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.001→49.43 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 18.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2018	5927	5 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
obs	0.17	118487	93.68 %	-
all	-	126455	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.196 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→49.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10241	0	96	895	11232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.211	14228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.822	3898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1845

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.001-2.0236	0.2474	184	0.2083	3343	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0236-2.0474	0.2543	201	0.2073	3436	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0474-2.0724	0.229	180	0.1968	3472	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0724-2.0986	0.2515	180	0.1934	3464	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0986-2.1262	0.2484	162	0.1943	3508	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1262-2.1554	0.2178	176	0.1845	3598	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1554-2.1862	0.2298	186	0.181	3558	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1862-2.2188	0.2142	184	0.1708	3615	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2188-2.2535	0.2003	208	0.1771	3686	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2535-2.2904	0.2057	191	0.1734	3610	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2904-2.3299	0.211	206	0.1715	3568	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3299-2.3723	0.1984	199	0.1705	3720	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3723-2.4179	0.2078	199	0.1678	3621	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4179-2.4672	0.227	187	0.1636	3726	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4672-2.5209	0.1968	221	0.165	3725	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5209-2.5795	0.1942	216	0.1725	3730	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5795-2.644	0.1961	176	0.1664	3809	X-RAY DIFFRACTION	95
2.644-2.7155	0.202	212	0.1661	3756	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7155-2.7954	0.2115	205	0.1656	3852	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7954-2.8856	0.2014	207	0.17	3805	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8856-2.9888	0.219	191	0.1771	3862	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9888-3.1084	0.206	203	0.1746	3895	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1084-3.2498	0.2267	193	0.168	3929	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2498-3.4211	0.1792	215	0.1725	3946	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4211-3.6354	0.1921	203	0.1555	3992	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6354-3.916	0.183	205	0.146	3981	X-RAY DIFFRACTION	99
3.916-4.3099	0.1565	186	0.1425	4027	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3099-4.9331	0.1726	208	0.1324	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9331-6.2132	0.1742	219	0.1646	4070	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2132-49.4455	0.2158	224	0.185	4197	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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