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- PDB-4q3i: Structure of the OsSERK2 leucine rich repeat extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q3i
タイトルStructure of the OsSERK2 leucine rich repeat extracellular domain
要素OsSERK2 D128N
キーワードTRANSFERASE / Leucine Rich Repete / toll-like receptor / brassinosteroids
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Pruitt, R.N. / Kamita, S.G. / Pereira, J.H. / Majumder, D. / Hammock, B.D. / Adams, P.D. / Ronald, P.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the OsSERK2 leucine-rich repeat extracellular domain.
著者: McAndrew, R. / Pruitt, R.N. / Kamita, S.G. / Pereira, J.H. / Majumdar, D. / Hammock, B.D. / Adams, P.D. / Ronald, P.C.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OsSERK2 D128N
B: OsSERK2 D128N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9564
ポリマ－54,5132
非ポリマー4422
水1,982110
1
A: OsSERK2 D128N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4782
ポリマ－27,2571
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OsSERK2 D128N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4782
ポリマ－27,2571
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.881, 50.646, 83.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 OsSERK2 D128N


分子量: 27256.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: Q01JP8*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, and 23% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月19日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 23648 / Num. obs: 22466 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / % possible all: 71.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.phaser: dev_1525)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1616)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_1525位相決定
精密化解像度: 2.35→42.215 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 1757 9.92 %
Rwork0.2362 --
obs0.2411 17720 78.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 28 110 3560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6691297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.38560.3863550.3092519X-RAY DIFFRACTION33
2.3856-2.45580.34820.268687X-RAY DIFFRACTION45
2.4558-2.5350.2992870.2806824X-RAY DIFFRACTION52
2.535-2.62560.37541030.2737938X-RAY DIFFRACTION60
2.6256-2.73080.35061220.28521081X-RAY DIFFRACTION69
2.7308-2.8550.36651370.28021238X-RAY DIFFRACTION80
2.855-3.00550.3371490.2781394X-RAY DIFFRACTION89
3.0055-3.19370.29081630.27171456X-RAY DIFFRACTION93
3.1937-3.44020.29591620.25991500X-RAY DIFFRACTION96
3.4402-3.78620.2841650.21321574X-RAY DIFFRACTION98
3.7862-4.33360.23331710.19681530X-RAY DIFFRACTION98
4.3336-5.45810.24621800.19341588X-RAY DIFFRACTION99
5.4581-42.22160.26651810.23231634X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.049-1.30560.52313.7626-0.89771.9273-0.0429-0.1061-0.10640.24690.03160.3607-0.17610.0973-0.01510.33120.00490.15530.2508-0.05540.3082-55.447519.0021164.1306
21.6196-0.4671-2.10834.32630.84234.480.1260.27910.0655-0.164-0.0805-0.0325-0.7634-0.0884-0.06930.36090.03230.0410.26310.04170.2985-49.56718.224154.3503
32.7512-1.3522-0.84082.5232-1.63254.6047-0.3432-0.1650.05350.179-0.04140.02360.23130.11480.39370.3509-0.01230.01810.116-0.00650.3203-48.432210.0823162.493
42.90870.16580.00752.1897-0.432.1973-0.3065-0.1879-0.17910.09140.11980.06490.1003-0.0890.23310.37110.03420.07730.208-0.04120.3054-47.58171.9804163.6239
58.51332.0552-1.53484.7431-0.89336.3428-0.0470.5497-0.31720.331-0.10380.1998-0.2653-0.56060.1240.23760.0411-0.0340.1836-0.06060.2712-45.7633-1.127153.8194
61.6927-0.2240.73492.27560.41534.1767-0.0822-0.13150.02750.13380.16670.4488-0.1912-0.266-0.04340.3613-0.02280.0150.2602-0.04220.2383-42.6256-5.9931159.492
72.99440.57681.5623.8721.60523.69780.3809-0.3022-0.19270.23830.0414-0.33880.0209-0.34-0.34480.2902-0.02430.01160.2767-0.00920.1902-38.4814-9.728161.9767
80.4204-0.2536-0.54093.2618-0.71541.52870.0237-0.0915-0.0039-0.1325-0.0345-0.07860.04530.0436-0.01470.29050.0029-0.04140.2786-0.02540.2468-32.4604-12.5078159.5991
92.9363-1.15890.07954.06472.7565.24650.06840.00440.13010.44140.24570.01650.7326-0.0081-0.27140.46760.0672-0.06930.25950.01980.1793-28.074-21.2215166.1462
101.5122-0.2865-0.5723.05081.03791.2379-0.0290.0398-0.1876-0.00770.002-0.15130.0668-0.03130.03190.34340.05950.06390.2590.00030.3303-67.9263-22.0834174.2815
113.6366-0.13090.72091.73810.67681.7962-0.00910.25-0.1388-0.21030.0421-0.08410.10720.20440.010.30310.03410.01160.24810.01650.2264-72.619-6.2314180.4472
121.5031-0.12-0.04283.32830.63551.8812-0.08130.03880.2291-0.074-0.00780.0707-0.06140.01460.07470.20690.0477-0.00980.2470.01630.2523-73.40885.4767192.0662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 31:64 )A31 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 65:80 )A65 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 81:108 )A81 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 109:139 )A109 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 140:152 )A140 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 153:173 )A153 - 173
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 174:191 )A174 - 191
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 192:232 )A192 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 233:248 )A233 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 31:120 )B31 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 121:173 )B121 - 173
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 174:248 )B174 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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