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- PDB-4q3h: The crystal structure of NHERF1 PDZ2 CXCR2 complex revealed by th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q3h
タイトルThe crystal structure of NHERF1 PDZ2 CXCR2 complex revealed by the NHERF1 CXCR2 chimeric protein
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Scaffold protein / Dimerization / Neutrophil chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / import across plasma membrane / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption ...interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / import across plasma membrane / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / interleukin-8 binding / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / C-X-C chemokine receptor activity / gland morphogenesis / bile acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of protein kinase activity / channel activator activity / stereocilium tip / cilium organization / plasma membrane organization / intracellular phosphate ion homeostasis / myosin II binding / growth factor receptor binding / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / establishment of Golgi localization / C-C chemokine binding / fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / chloride channel regulator activity / auditory receptor cell stereocilium organization / Chemokine receptors bind chemokines / nuclear migration / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / dendritic cell chemotaxis / beta-2 adrenergic receptor binding / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / microvillus / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / transport across blood-brain barrier / endomembrane system / phosphatase binding / cellular defense response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / ruffle / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / filopodium / protein localization to plasma membrane / cell periphery / morphogenesis of an epithelium / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / brush border membrane / sensory perception of sound / calcium-mediated signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / receptor internalization / mitotic spindle / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / chemotaxis / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / C-X-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.443 Å
データ登録者Holcomb, J. / Jiang, Y. / Trescott, L. / Lu, G. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Li, C. / Yang, Z.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the NHERF1 PDZ2 domain in complex with the chemokine receptor CXCR2 reveals probable modes of PDZ2 dimerization.
著者: Holcomb, J. / Jiang, Y. / Guan, X. / Trescott, L. / Lu, G. / Hou, Y. / Wang, S. / Brunzelle, J. / Sirinupong, N. / Li, C. / Yang, Z.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8322
ポリマ－19,8322
非ポリマー00
水4,486249
1
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9161
ポリマ－9,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9161
ポリマ－9,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.751, 55.349, 45.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) ...NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 1


分子量: 9916.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHERF, NHERF1, SLC9A3R1 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745, UniProt: P25025
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris HCl, pH 8.5, 8% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月17日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.443→32.75 Å / Num. all: 28239 / Num. obs: 28239 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.443→1.448 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2302 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.443→32.748 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 1434 5.08 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
all0.1669 28233 --
obs0.1669 28233 96.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.443→32.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 0 249 1603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0531886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.028546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4428-1.49440.3121010.2542199X-RAY DIFFRACTION78
1.4944-1.55420.26951360.21912620X-RAY DIFFRACTION96
1.5542-1.6250.2461530.20532733X-RAY DIFFRACTION100
1.625-1.71070.22811420.18832760X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.81780.2021360.1732767X-RAY DIFFRACTION100
1.8178-1.95820.18481430.17062748X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.15520.1911620.1572747X-RAY DIFFRACTION100
2.1552-2.4670.18411460.16352750X-RAY DIFFRACTION99
2.467-3.10770.19611490.1682737X-RAY DIFFRACTION99
3.1077-32.75670.17771660.14462738X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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