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- PDB-4q31: The crystal structure of cystathione gamma lyase (CalE6) from Mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q31
タイトルThe crystal structure of cystathione gamma lyase (CalE6) from Micromonospora echinospora
要素cystathione gamma lyase CalE6
キーワードLYASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-sulfur lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / CalE6
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Tan, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Kharel, M.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. ...Tan, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Kharel, M.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Struct Dyn / : 2016
タイトル: Structural dynamics of a methionine gamma-lyase for calicheamicin biosynthesis: Rotation of the conserved tyrosine stacking with pyridoxal phosphate.
著者: Cao, H. / Tan, K. / Wang, F. / Bigelow, L. / Yennamalli, R.M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Joachimiak, A. / Kharel, M.K. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cystathione gamma lyase CalE6
B: cystathione gamma lyase CalE6
C: cystathione gamma lyase CalE6
D: cystathione gamma lyase CalE6
E: cystathione gamma lyase CalE6
F: cystathione gamma lyase CalE6
G: cystathione gamma lyase CalE6
H: cystathione gamma lyase CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,29261
ポリマ-330,4968
非ポリマー4,79653
32,8411823
1
A: cystathione gamma lyase CalE6
B: cystathione gamma lyase CalE6
C: cystathione gamma lyase CalE6
D: cystathione gamma lyase CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,75132
ポリマ-165,2484
非ポリマー2,50328
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24830 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area45650 Å2
手法PISA
2
E: cystathione gamma lyase CalE6
F: cystathione gamma lyase CalE6
G: cystathione gamma lyase CalE6
H: cystathione gamma lyase CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,54229
ポリマ-165,2484
非ポリマー2,29425
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24180 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area45550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.855, 146.981, 349.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細It is predicted that the chains A,B,C and D, and chians E,F,G and H form tetramers respectively.

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
cystathione gamma lyase CalE6


分子量: 41312.000 Da / 分子数: 8 / 変異: D7G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calE6 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8KNG3

-
非ポリマー , 5種, 1876分子

#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1823 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 12%(w/v)20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→34 Å / Num. all: 219087 / Num. obs: 219087 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 22.064 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 10831 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→33.97 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1905 10999 5.02 %random
Rwork0.1516 ---
all0.1535 219047 --
obs0.1535 219047 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22588 0 290 1823 24701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07431756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9218437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0993-2.12320.26224050.19516773X-RAY DIFFRACTION99
2.1232-2.14820.24813500.19526817X-RAY DIFFRACTION100
2.1482-2.17440.23723850.1856872X-RAY DIFFRACTION100
2.1744-2.20190.22563360.17776966X-RAY DIFFRACTION100
2.2019-2.23080.23513620.17736854X-RAY DIFFRACTION100
2.2308-2.26140.24123340.17866967X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.29370.21873870.17416851X-RAY DIFFRACTION100
2.2937-2.32790.20783790.16586856X-RAY DIFFRACTION100
2.3279-2.36430.22013830.15996944X-RAY DIFFRACTION100
2.3643-2.4030.22193650.16366855X-RAY DIFFRACTION100
2.403-2.44450.21483950.16076880X-RAY DIFFRACTION100
2.4445-2.48890.20414000.16056863X-RAY DIFFRACTION100
2.4889-2.53680.21253630.15856925X-RAY DIFFRACTION100
2.5368-2.58850.18913370.14876857X-RAY DIFFRACTION100
2.5885-2.64480.213480.14766981X-RAY DIFFRACTION100
2.6448-2.70630.20643840.15496857X-RAY DIFFRACTION100
2.7063-2.77390.21893560.15256963X-RAY DIFFRACTION100
2.7739-2.84890.20543620.15396888X-RAY DIFFRACTION100
2.8489-2.93270.20093530.16156972X-RAY DIFFRACTION100
2.9327-3.02730.19563520.15696941X-RAY DIFFRACTION100
3.0273-3.13540.19543530.15876969X-RAY DIFFRACTION100
3.1354-3.26090.19653740.15436919X-RAY DIFFRACTION100
3.2609-3.40910.19033160.15866980X-RAY DIFFRACTION100
3.4091-3.58870.19093890.15296963X-RAY DIFFRACTION100
3.5887-3.81330.17433540.14556947X-RAY DIFFRACTION100
3.8133-4.10720.1473750.12917002X-RAY DIFFRACTION100
4.1072-4.51970.15463980.11916997X-RAY DIFFRACTION100
4.5197-5.17170.14393660.12357022X-RAY DIFFRACTION100
5.1717-6.50830.18523520.1547107X-RAY DIFFRACTION100
6.5083-33.97430.16733860.14547260X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0681-0.2016-0.44515.3739-0.62750.9173-0.0034-0.05380.04850.14550.0084-0.5558-0.06680.3543-0.00690.1181-0.0287-0.01460.2828-0.03010.223350.872645.002150.9729
20.93010.17930.32223.8572-0.10411.7444-0.03150.0231-0.11840.03850.0825-0.3810.16680.4368-0.11290.1599-0.00440.00420.2996-0.02270.209450.175140.525459.19
32.67730.36920.51092.34330.96242.3761-0.0344-0.13960.05050.219-0.0298-0.06580.1520.1043-0.05370.1561-0.0139-0.01360.1645-0.00450.121940.621646.131869.0292
41.59940.6780.19071.4043-0.09651.6520.1441-0.35390.28161.0631-0.31570.39970.269-0.35310.02580.512-0.09250.08940.3695-0.07260.201331.32551.710482.7542
51.0592-0.24720.1142.04990.30170.8781-0.0092-0.19430.14920.3369-0.0212-0.0587-0.02010.06130.03980.1875-0.04350.00470.1993-0.03080.126238.266153.1869.692
61.3769-0.00940.23871.14020.06620.75230.0024-0.14630.3450.1347-0.05160.135-0.1354-0.05920.06220.169-0.02510.01660.1636-0.04810.208124.337163.611359.6257
72.52-0.4708-0.05092.05421.01262.2168-0.0217-0.40720.08230.3172-0.050.24860.1599-0.2460.05910.1738-0.02690.03230.2217-0.05430.2515.917757.880860.1684
80.5241-0.14640.14112.58131.7021.6991-0.01270.0289-0.03860.1149-0.11730.48790.0612-0.2330.15540.1436-0.03320.02840.23840.00210.25619.22732.68551.8142
91.4425-0.04270.14282.79090.10951.828-0.0299-0.3954-0.13680.81110.0645-0.22170.17480.0551-0.04310.35840.0151-0.03010.26330.0320.159633.248422.221974.3975
101.0687-0.29210.01580.8724-0.04710.315-0.0125-0.1705-0.20910.2108-0.009-0.0030.05270.00330.02870.1765-0.02610.00660.14820.03630.157638.328315.208262.8823
114.0981-0.48630.86263.109-0.91773.68470.0039-0.44250.03030.33730.0132-0.2426-0.16230.0584-0.03240.1438-0.0178-0.01760.16460.02160.234454.347915.811759.5337
120.3864-0.3390.19691.95560.02961.2578-0.00930.04030.0661-0.07060.0437-0.4442-0.06620.2868-0.01650.128-0.02040.0260.2569-0.00650.228151.185233.005438.5142
133.2695-0.97520.11681.23820.77445.0390.20080.1855-0.0751-0.6691-0.063-0.0693-0.0005-0.2595-0.12820.339-0.02290.0320.136-0.01570.159839.711827.97717.8394
141.18150.194-0.1942.720.35131.1463-0.03160.2643-0.1137-0.70210.0051-0.029-0.00980.07070.01960.30570.00880.00930.1958-0.02860.13638.862322.541218.2232
1520.86410.12361.46160.49290.7956-0.03670.1254-0.0871-0.13610.00140.17430.0578-0.08310.04630.1705-0.0068-0.00770.1236-0.00350.156124.62713.714431.0769
164.18830.46931.19412.52370.91783.23640.00610.3138-0.0308-0.1704-0.05390.34420.2854-0.2771-0.02710.1891-0.04290.00070.1674-0.02060.228816.857612.875731.1034
171.0134-0.0849-0.53652.35990.9481.4841-0.0120.05570.0216-0.1639-0.03520.39190.0073-0.26170.07950.1193-0.0035-0.03270.20370.01190.203519.858241.727738.9071
181.0925-0.27110.28172.74530.19581.7887-0.03380.28650.1781-0.898-0.0022-0.3433-0.180.18060.05440.4436-0.05130.07080.21760.02810.203734.993152.823917.5584
191.12070.64980.06711.37610.01820.4008-0.06280.08940.1442-0.26970.03750.0181-0.03370.01590.02440.1793-0.00070.00670.12940.01660.134638.810960.147329.2432
203.92650.6595-0.6353.2876-0.98314.6452-0.06950.4221-0.14-0.4405-0.0023-0.32010.20120.27930.03160.1913-0.00040.0280.1640.00950.232354.333460.14833.9933
214.7303-0.27-1.34630.9989-0.43481.07390.05090.1253-0.468-0.0046-0.00720.05730.2808-0.0442-0.07470.1922-0.0102-0.02520.1307-0.02260.20928.864822.1995128.8984
223.67430.36130.2441.0187-0.18811.6690.26790.2191-0.39020.1299-0.1356-0.08390.31070.1252-0.01960.2457-0.0013-0.01660.1436-0.0160.204433.142423.3915120.2788
231.67950.47370.5331.4412-0.04272.9286-0.28350.8030.1755-0.32120.32880.2013-0.2544-0.0341-0.01660.1714-0.0738-0.04270.37010.03270.140125.653735.5515105.0331
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251.4216-0.4573-0.04220.99640.15630.4846-0.00680.14560.0427-0.05250.00380.14-0.0313-0.01870.00190.1206-0.0177-0.00620.150.01150.131215.307842.7294117.9073
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314.34250.28382.00990.251.00425.61730.4859-0.6157-0.99430.0621-0.0419-0.2820.9322-0.1473-0.42840.29420.0028-0.05820.16640.05770.326951.889122.2877137.007
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341.7822-1.8978-0.5052.1822-0.09493.8395-0.243-1.4710.96460.34940.4219-0.2986-0.3735-0.4901-0.06240.41120.011-0.09430.6583-0.16430.18747.172841.2189169.2348
351.26540.6886-0.30081.49710.18151.58370.1234-0.9095-0.08740.5969-0.3386-0.3384-0.2028-0.11130.16280.3383-0.0353-0.13710.50270.02580.23558.17936.6652167.7403
361.52510.2018-0.34820.86810.19260.23290.0105-0.3292-0.14830.1926-0.0118-0.10950.07660.0455-0.00910.1911-0.0037-0.03850.18590.02710.124948.264632.4219154.6499
373.10991.75470.00793.29650.3030.7278-0.1083-0.0331-0.05640.01780.076-0.4314-0.01040.08320.01870.13270.0332-0.02690.13160.01660.142457.731141.8415141.1843
381.197-0.64620.33422.9033-1.20420.548-0.1558-0.28280.20.69070.1007-0.2317-0.2284-0.01320.04980.28770.0088-0.09530.1993-0.03750.253459.588554.1516152.2522
392.84841.25940.1814.60991.04484.11-0.04790.04030.37180.20690.1573-0.2485-0.15890.1314-0.09850.12390.0206-0.08120.1252-0.00720.254260.98257.1699143.789
401.4415-0.26740.43340.9305-0.31211.4511-0.0403-0.05780.41650.1014-0.0044-0.0352-0.2679-0.04520.05630.24070.01440.01340.1178-0.01570.227929.296252.2006141.2487
412.43060.86120.02691.4666-0.01260.5440.1085-0.5654-0.050.3703-0.14510.1552-0.0394-0.04480.02220.22430.01040.06420.23750.00820.143717.589637.3144156.1493
421.4868-0.2714-0.42642.54880.42341.0688-0.0143-0.202-0.12860.2849-0.00390.17270.0754-0.05210.05680.1421-0.00960.03590.17070.02920.222610.16519.2194146.9506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 86 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 87 through 143 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 144 through 233 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 234 through 314 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 315 through 379 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 143 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 144 through 314 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 315 through 380 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 3 through 65 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 66 through 100 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 101 through 233 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 234 through 343 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 344 through 381 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 4 through 51 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 52 through 143 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 144 through 314 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 315 through 379 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 3 through 38 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 39 through 65 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 66 through 100 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 101 through 194 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 195 through 314 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 315 through 378 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 3 through 65 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 66 through 100 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 101 through 233 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 234 through 379 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 3 through 22 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 23 through 51 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 52 through 86 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 87 through 124 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 125 through 164 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 165 through 233 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 234 through 267 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 268 through 350 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 351 through 380 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 3 through 65 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 66 through 267 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 268 through 380 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る