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- PDB-4q2r: Structural Proteomics From Crude Native Rod Outer Segments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q2r
タイトルStructural Proteomics From Crude Native Rod Outer Segments
要素Creatine kinase B-type
キーワードTRANSFERASE / kinase / Brain
機能・相同性
機能・相同性情報


Creatine metabolism / RND3 GTPase cycle / creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / intracellular chloride ion homeostasis / brain development / mitochondrion / extracellular space / ATP binding ...Creatine metabolism / RND3 GTPase cycle / creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / intracellular chloride ion homeostasis / brain development / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain ...Transferase Creatine Kinase; Chain A, domain 1 / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Creatine kinase B-type
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Baker, B.Y. / Shi, W. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Proteomics From Crude Native Rod Outer Segments
著者: Baker, B.Y. / Shi, W. / Palczewski, K.
履歴
登録2014年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Creatine kinase B-type
B: Creatine kinase B-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6473
ポリマ－85,5512
非ポリマー961
水6,179343
1
A: Creatine kinase B-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7751
ポリマ－42,7751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Creatine kinase B-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8712
ポリマ－42,7751
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.976, 95.976, 107.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Creatine kinase B-type / B-CK / Creatine kinase B chain


分子量: 42775.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q5EA61, creatine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 3% PEG 1K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→42.922 Å / Num. all: 116751 / Num. obs: 116751 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 45.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3B6R

3b6r


解像度: 1.65→42.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.976 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24575 5779 5 %RANDOM
Rwork0.22153 ---
obs0.22275 109588 98.63 %-
all-116751 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5808 0 5 343 6156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9661.9658046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.927312990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.624.257296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4161542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2432.4252932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2432.4242931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0563.6323658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0563.6333659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3532.7633020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3522.7633020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8464.0054388
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.79119.8256967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.78519.6866812

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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