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万見
- PDB-4q2e: CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTRAMEMBRANE CDP-DAG SYNTHETASE CENTRAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q2e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN INTRAMEMBRANE CDP-DAG SYNTHETASE CENTRAL FOR PHOSPHOLIPID BIOSYNTHESIS (S200C/S258C, active mutant)
要素Phosphatidate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / intramembrane enzyme / CdsA fold / phospholipid biosynthesis lipid metabolism / CTP and phosphatidic acid binding / Nucleotidyltransferase / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidate cytidylyltransferase / phosphatidate cytidylyltransferase activity / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase family / Phosphatidate cytidylyltransferase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Phosphatidate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Liu, X. / Yin, Y. / Wu, J. / Liu, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structure and mechanism of an intramembrane liponucleotide synthetase central for phospholipid biosynthesis
著者: Liu, X. / Yin, Y. / Wu, J. / Liu, Z.
履歴
登録2014年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidate cytidylyltransferase
B: Phosphatidate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,98412
ポリマ－64,6542
非ポリマー1,33010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area24130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.080, 142.080, 198.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidate cytidylyltransferase / CDP-DAG synthase / CDP-DG synthase / CDP-diacylglycerol synthase / CDS / CDP-diglyceride ...CDP-DAG synthase / CDP-DG synthase / CDP-diacylglycerol synthase / CDS / CDP-diglyceride pyrophosphorylase / CDP-diglyceride synthase / CTP:phosphatidate cytidylyltransferase


分子量: 32326.900 Da / 分子数: 2 / 変異: S220C, S243C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cdsA, TM_1397 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1B7, phosphatidate cytidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8%-13% PEG3350, 100mM NaCl, 20mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月8日 / 詳細: Mono-chromator and mirrors
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→45 Å / Num. all: 16764 / Num. obs: 16580 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1099 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 5175072.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.338 854 5.2 %RANDOM
Rwork0.299 ---
all0.299 16764 --
obs0.299 16580 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.2071 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 113.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3 Å20 Å20 Å2
2---5.3 Å20 Å2
3---10.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.73 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.2 Å0.97 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4180 0 10 0 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.092.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 140 5.2 %
Rwork0.395 2567 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3hglink.parhglink.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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