PDB-4q1x: Mutations Outside the Active Site of HIV-1 Protease Alter Enzyme ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q1x

タイトル

Mutations Outside the Active Site of HIV-1 Protease Alter Enzyme Structure and Dynamic Ensemble of the Active Site to Confer Drug Resistance

要素

ASPARTYL PROTEASE

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / HIV-1 protease / AIDS / inhibitor complex / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...
類似検索 - 分子機能

: / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ragland, D.A. / Nalam, M.N.L. / Cao, H. / Nalivaika, E.A. / Cai, Y. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
著者: Ragland, D.A. / Nalivaika, E.A. / Nalam, M.N. / Prachanronarong, K.L. / Cao, H. / Bandaranayake, R.M. / Cai, Y. / Kurt-Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q1x.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q1x.ent.gz	73.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q1x_validation.pdf.gz	797.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q1x_full_validation.pdf.gz	798 KB	表示
XML形式データ	4q1x_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4q1x_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q1wC 4q1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (13) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (13)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
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HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ASPARTYL PROTEASE

B: ASPARTYL PROTEASE

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.906, 58.277, 61.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ASPARTYL PROTEASE 分子量: 10829.816 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-99 / 変異: Q7K, V32I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HIV-1 M:B_HXB2R / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap56 参照: UniProt: V5Y949, UniProt: P04585*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月22日 / 詳細: OSMIC Mirrors
放射	モノクロメーター: OSMIC Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→42.41 Å / Num. all: 14168 / Num. obs: 14168 / % possible obs: 93.86 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique all: 1346 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
StructureStudio		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→42.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.26 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2341	719	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1802	-	-	-
obs	0.18289	13416	93.86 %	-
all	-	15063	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	49	93	1630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	2.015	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.092	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.57	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.073	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.123	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.199	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.96	2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.475	3	647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.133	4.5	564

LS精密化シェル

解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	48	-
R_work	0.212	914	-
obs	-	914	88.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3577	-1.7535	-0.5433	6.7925	1.7934	3.8655	-0.325	-0.5213	0.0274	0.5578	0.2786	0.0948	0.0308	0.14	0.0464	-0.0205	0.0476	0.0081	0.0046	0.0095	-0.1508	20.6708	25.5966	29.293
2	5.58	-3.8897	0.617	4.0372	1.3365	4.803	-0.1273	-0.1495	-0.5015	0.198	0.1766	0.3658	0.1627	0.0571	-0.0494	-0.0306	-0.0084	0.0483	-0.1126	0.0396	-0.0304	19.7454	17.7228	23.3022
3	1.3203	0.3407	0.1954	2.7006	-0.1803	1.2932	-0.0101	0.11	-0.1105	0.0152	0.0615	-0.0428	-0.0393	0.0334	-0.0514	-0.0153	0.0068	0.0044	-0.0109	-0.0048	-0.073	27.7034	28.5426	18.7744
4	7.084	-0.713	0.7942	4.1174	0.2351	1.891	0.021	-0.0378	-0.1559	-0.1888	0.0019	0.153	-0.1866	-0.0269	-0.0229	-0.0366	0.0203	0.0163	-0.0833	0.0092	-0.0509	12.346	26.929	18.3074
5	13.6109	-1.307	-2.8432	6.9728	4.1726	6.6825	-0.0829	-0.5396	0.0748	0.2905	0.2428	-0.7591	0.2223	0.474	-0.1599	-0.0145	-0.0172	-0.0806	-0.0904	0.035	0.0353	39.6262	30.5753	24.1687
6	37.6518	-19.2838	0.5477	17.6838	3.4306	5.0684	-0.1758	0.4548	-1.3705	0.0567	-0.3123	1.0305	0.0538	-0.6097	0.4881	-0.0929	-0.0386	0.0125	-0.0298	-0.0183	0.0363	0.9174	21.4415	17.8713
7	9.0426	0.4289	1.2815	8.5736	3.7171	7.0339	0.2147	0.0595	0.0279	-0.0171	0.0964	-0.6187	-0.2752	0.2865	-0.3112	-0.0789	-0.003	0.0032	-0.0751	0.0657	-0.037	39.7724	31.7421	10.4198
8	10.8581	-5.5873	-2.9283	17.1051	8.0571	8.7777	0.16	0.6253	0.0911	-0.1644	-0.1747	0.6676	0.1428	-0.6652	0.0147	-0.0986	-0.0168	0.031	-0.0187	0.1213	-0.0607	0.5065	34.3999	13.2067
9	12.6442	-2.5424	-1.4125	1.1686	0.4797	3.1502	-0.0795	0.5791	-0.1066	-0.1081	-0.0632	0.0038	0.0415	-0.0311	0.1427	-0.034	0.0212	0.0011	-0.054	-0.0034	-0.0707	27.6847	31.2381	4.2623
10	13.9579	-1.9341	-3.3117	1.9654	-1.0622	2.1489	0.2871	0.0744	0.1712	0.0224	0.047	0.2976	0.0113	0.1337	-0.3341	0.0001	0.0196	0.002	-0.0259	0.0162	-0.014	12.5951	39.7688	11.556
11	0.9203	0.7099	-0.7203	4.7366	-0.4862	3.9715	-0.0051	0.1892	0.2229	0.1143	0.0035	0.4076	-0.0981	0.1136	0.0016	-0.0272	-0.0302	-0.0221	-0.0013	0.028	-0.0452	29.0792	33.6112	14.5582
12	5.2371	-4.2828	4.9004	7.6981	-5.0716	4.8553	0.185	0.4734	-0.1202	-0.3058	-0.1771	0.0052	0.2708	0.3793	-0.0078	-0.0205	0.027	-0.0097	0.0308	0.0055	-0.0539	10.4795	29.4175	11.9354
13	3.8077	-3.337	3.049	3.196	-2.4368	2.6454	-0.0054	0.1258	-0.1605	-0.0518	0.0216	0.0006	-0.0574	-0.0638	-0.0162	-0.0093	-0.0022	0.0097	-0.0312	-0.0017	-0.0024	28.6834	19.5235	19.2074
14	3.8888	-2.1557	-2.0132	1.1976	1.0848	1.4163	-0.126	-0.4421	0.0243	-0.0006	0.114	0.2674	-0.1597	-0.0239	0.012	0.0229	0.053	0.0292	0.0118	-0.0015	-0.0303	11.6567	28.8127	26.9851
15	2.6144	-6.2057	2.7486	15.1738	-9.0866	17.7001	0.1365	0.3377	-0.5269	-0.6014	-0.6396	-0.4581	0.528	0.4945	0.5031	-0.1337	0.0114	0.0552	0.0074	0.0231	-0.0127	38.9785	23.5177	10.3992
16	10.8142	11.0784	-9.5026	18.6181	-11.6169	14.5965	0.688	-0.0943	1.107	0.9577	-0.0691	0.6816	-0.7927	-0.129	-0.6189	-0.0787	0.0723	0.0165	-0.0644	0.0209	0.0774	1.5919	36.5817	21.0572
17	32.0209	8.1457	-17.8937	10.8453	-6.2042	37.8929	0.1113	-0.4445	0.5162	0.6099	0.0528	-0.3169	0.0215	0.9238	-0.164	-0.0725	-0.0126	-0.0702	-0.1323	-0.0167	-0.0309	37.5138	24.2209	24.3568
18	20.2442	-9.843	7.1437	24.8911	-0.1173	16.1734	0.053	0.4935	-0.6838	-0.0409	-0.2173	-0.3792	0.8249	0.1798	0.1642	-0.064	-0.0066	0.0519	-0.0963	0.0233	-0.0025	2.638	22.9	23.9933
19	3.3905	-0.951	1.2989	2.2057	0.1197	8.1482	-0.0116	0.0329	-0.1654	0.0281	-0.1614	-0.2148	0.01	0.3014	0.173	-0.0788	-0.0166	-0.0007	-0.0671	0.0117	0.0026	35.7373	21.9719	18.294
20	6.352	1.9749	-7.564	8.7812	-7.806	13.9271	-0.0079	-0.2741	-0.0845	-0.1294	0.1413	0.2628	0.0876	0.0363	-0.1334	-0.1407	0.0068	-0.0356	-0.0523	0.0157	-0.0371	3.9512	28.4919	25.2704
21	1.4919	-2.0118	-2.9689	11.7491	5.0979	6.0405	0.0538	0.0288	-0.0134	-0.1806	-0.0336	0.0446	-0.2634	-0.0556	-0.0202	-0.009	0.0263	0.0005	0.0183	0.0132	-0.0286	19.4822	29.7891	13.6932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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