PDB-4q1t: Crystal structure of a glutamate 5-kinase from Burkholderia thail...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q1t

タイトル

Crystal structure of a glutamate 5-kinase from Burkholderia thailandensis

要素

Glutamate 5-kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / essential / ATP-dependent / proline biosynthesis / 5-oxoproline

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / L-proline biosynthetic process / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glutamate 5-kinase from Burkholderia thailandensis
著者: Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2014年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q1t.cif.gz	504 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q1t.ent.gz	414.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q1t_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q1t_full_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示
XML形式データ	4q1t_validation.xml.gz	47.6 KB	表示
CIF形式データ	4q1t_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j5tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e2e-d 4ho9-3 4pqg-d 4f1n-2 4ki4-d 2pi4-d 3q0a-2 3w2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00483.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate 5-kinase

B: Glutamate 5-kinase

C: Glutamate 5-kinase

D: Glutamate 5-kinase

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.850, 69.150, 141.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.510, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	A	A	1 - 372	5 - 376
2	1	VAL	VAL	B	B	1 - 372	5 - 376
1	2	VAL	VAL	A	A	1 - 372	5 - 376
2	2	VAL	VAL	C	C	1 - 372	5 - 376
1	3	VAL	VAL	A	A	1 - 372	5 - 376
2	3	VAL	VAL	D	D	1 - 372	5 - 376
1	4	VAL	VAL	B	B	1 - 372	5 - 376
2	4	VAL	VAL	C	C	1 - 372	5 - 376
1	5	VAL	VAL	B	B	1 - 372	5 - 376
2	5	VAL	VAL	D	D	1 - 372	5 - 376
1	6	LEU	LEU	C	C	1 - 371	5 - 375
2	6	LEU	LEU	D	D	1 - 371	5 - 375

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Glutamate 5-kinase / Gamma-glutamyl kinase / GK 分子量: 39677.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I1143, Gamma-glutamyl kinase, proB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SZF9, glutamate 5-kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ButhA.00483.a.A1.PW33346 at 40 mg/mL against PACT screen condition F7, 0.2 M NaOAc, 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, ...詳細: ButhA.00483.a.A1.PW33346 at 40 mg/mL against PACT screen condition F7, 0.2 M NaOAc, 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 226003f7, unique puck ID gzd6-4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ButhA.00483.a.A1.PW33346 at 40 mg/mL against PACT screen condition F7, 0.2 M NaOAc, 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 69894 / Num. obs: 69634 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.726 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 13.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.15-2.21		0.491	2.81	23709	5104	99.9
2.21-2.27		0.362	4.31	22612	4933	99.2
2.27-2.33		0.332	4.11	22707	4882	99.4
2.33-2.4		0.253	5.36	21951	4709	99.8
2.4-2.48		0.22	6.24	21354	4580	99.8
2.48-2.57		0.173	7.69	20763	4450	99.8
2.57-2.67		0.141	9.25	19981	4281	99.8
2.67-2.78		0.114	11.08	19325	4142	99.8
2.78-2.9		0.1	12.94	18284	3929	99.8
2.9-3.04		0.084	14.91	17551	3775	99.8
3.04-3.21		0.07	17.63	16898	3638	99.7
3.21-3.4		0.058	20.79	15482	3359	99.9
3.4-3.63		0.054	22.55	14942	3253	99.6
3.63-3.93		0.053	24.14	13494	2962	99.8
3.93-4.3		0.049	25.64	12596	2772	99.6
4.3-4.81		0.047	26.69	11357	2499	99.8
4.81-5.55		0.05	26.4	9999	2224	99.6
5.55-6.8		0.052	26.08	8411	1884	99.9
6.8-9.62		0.052	27.52	6392	1462	99.3
	9.62	0.05	26.68	3195	796	93

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J5T

2j5t

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.2501 / WR_factor R_work: 0.2252 / FOM work R set: 0.7991 / SU B: 14.421 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.3042 / SU R_free: 0.2091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2434	3519	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2193	-	-	-
obs	0.2205	69634	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.68 Å² / B_iso mean: 42.55 Å² / B_iso min: 18.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	-0 Å²	-1.69 Å²
2-	-	1.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9885	0	0	279	10164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.967	13583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	3	22448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.103	5	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.068	23.777	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.795	15	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.122	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.704	2.519	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.704	2.519	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.797	3.763	6842

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18268	0.09
1	2	B	18268	0.09
2	1	A	18638	0.09
2	2	C	18638	0.09
3	1	A	18173	0.09
3	2	D	18173	0.09
4	1	B	19588	0.08
4	2	C	19588	0.08
5	1	B	18014	0.09
5	2	D	18014	0.09
6	1	C	18581	0.1
6	2	D	18581	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	273	-
R_work	0.29	4822	-
all	-	5095	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9688	0.1859	0.0283	1.3189	-0.2017	1.2133	-0.0272	-0.1838	0.06	0.0473	-0.0164	0.0391	0.0397	0.1926	0.0436	0.015	0.0165	0.0207	0.1742	0.0071	0.0433	41.431	-6.7756	36.198
2	0.8793	0.1852	0.1313	1.2091	0.2773	0.8935	0.1791	-0.1026	-0.2417	-0.1102	-0.2028	0.1215	0.0454	-0.2844	0.0238	0.1117	0.0396	-0.0428	0.1774	-0.0203	0.1789	-2.5485	-4.0798	25.6831
3	0.8964	-0.6002	-0.4611	2.0065	0.5487	1.0897	0.1924	0.1527	-0.0719	-0.2857	-0.2268	0.0637	-0.2093	-0.0079	0.0344	0.0822	0.0454	-0.0107	0.0515	-0.0103	0.039	28.0102	0.0679	9.859
4	0.3644	0.2112	-0.0888	1.1366	-1.0957	3.3056	0.0636	-0.0911	0.0352	0.0138	0.0045	0.1049	-0.0351	0.0905	-0.0681	0.0345	0.0122	0.0316	0.2066	-0.0036	0.0591	11.9044	2.019	51.7039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 372
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 372
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 372
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 372

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