PDB-4q14: Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase from Brucella me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q14

タイトル

Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase from Brucella melitensis

要素

5-hydroxyisourate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / 5-hydroxyisourate hydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase from Brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q14.cif.gz	116.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q14.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/4q14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h0eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rpt-1 1gko-1 1tfp-d 5ayt-d 4deu-d 2g3x-d 4gc3-d 3efs-2 1e4h-d 4mrb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrabA.17772.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (8) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 5-hydroxyisourate hydrolase

B: 5-hydroxyisourate hydrolase

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.190, 83.190, 153.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-398- HOH

#1: タンパク質	5-hydroxyisourate hydrolase 分子量: 15337.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌) 遺伝子: BAB1_0532 / プラスミド: BrabA.17772.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YMM2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, C2: 20% PEG 6000, 1000mM LiCl, 100mM Sodium citrate tribasic/Citric acid pH 4.0; BrmeA.17772.a.A1.PS01080 at 53.3 mg/ml, cryo 20% EG in 2 steps, tray 253210c2, ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, C2: 20% PEG 6000, 1000mM LiCl, 100mM Sodium citrate tribasic/Citric acid pH 4.0; BrmeA.17772.a.A1.PS01080 at 53.3 mg/ml, cryo 20% EG in 2 steps, tray 253210c2, puck rjo4-1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, C2: 20% PEG 6000, 1000mM LiCl, 100mM Sodium citrate tribasic/Citric acid pH 4.0; BrmeA.17772.a.A1.PS01080 at 53.3 mg/ml, cryo 20% EG in 2 steps, tray 253210c2, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月30日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 35288 / Num. obs: 34159 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 22.84

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74	0.534	4.73	27681	2436	1	95.4
1.74-1.79	0.422	5.92	26897	2363	1	95.6
1.79-1.84	0.342	7.23	26282	2322	1	95.7
1.84-1.9	0.255	9.41	25640	2271	1	96.1
1.9-1.96	0.195	12.08	24773	2183	1	96
1.96-2.03	0.165	14.11	24211	2146	1	96.5
2.03-2.11	0.133	17.27	23105	2058	1	96.6
2.11-2.19	0.112	20.14	22563	2017	1	96.8
2.19-2.29	0.096	23.18	21565	1921	1	96.9
2.29-2.4	0.091	24.15	20486	1841	1	97.2
2.4-2.53	0.081	26.51	19777	1781	1	97.4
2.53-2.69	0.069	30.12	18589	1688	1	97.5
2.69-2.87	0.062	33.39	17505	1590	1	97.8
2.87-3.1	0.052	38.92	16229	1489	1	97.9
3.1-3.4	0.045	43.1	15037	1389	1	98
3.4-3.8	0.041	47.81	13593	1279	1	98.5
3.8-4.39	0.04	49.53	11994	1134	1	98
4.39-5.38	0.038	50.96	10092	980	1	98.6
5.38-7.6	0.039	46.97	7747	792	1	98.5
7.6-50	0.039	44.7	3967	479	1	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.9 Å	41.65 Å
Translation	3.9 Å	41.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	dev_1659	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: used Balbes for initial refinement, Balbes uses pdb entry 2h0e

2h0e

解像度: 1.7→32.594 Å / FOM work R set: 0.8961 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1778	1711	5.01 %	random
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.158	34143	96.99 %	-
all	-	35288	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.44 Å² / B_iso mean: 24.17 Å² / B_iso min: 8.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.594 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	16	237	2071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1953
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	2677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.409	729

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7501	0.1962	141	0.1804	2587	2728	95
1.7501-1.8065	0.2121	125	0.1711	2632	2757	96
1.8065-1.8711	0.1904	130	0.1639	2618	2748	96
1.8711-1.946	0.1769	128	0.1589	2651	2779	96
1.946-2.0346	0.1935	139	0.1568	2642	2781	96
2.0346-2.1418	0.1853	134	0.1545	2669	2803	97
2.1418-2.276	0.1972	152	0.1526	2657	2809	97
2.276-2.4517	0.1779	154	0.1548	2700	2854	97
2.4517-2.6983	0.1681	142	0.1653	2719	2861	98
2.6983-3.0885	0.1989	134	0.1662	2772	2906	98
3.0885-3.8901	0.1579	158	0.1466	2803	2961	98
3.8901-50	0.1689	174	0.1535	2982	3156	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0046	6.062	-5.1912	7.9974	-6.6507	5.538	-0.148	0.0441	-0.4088	-0.1454	-0.0961	-0.3039	0.1985	0.0457	0.2883	0.127	0.005	-0.0049	0.1497	0.0081	0.1783	-14.0303	23.766	-3.6773
2	3.4049	0.3032	-0.7821	2.5356	-0.7976	2.4301	0.1066	-0.1293	0.0815	0.0826	-0.0804	-0.0506	-0.0165	0.0488	-0.0147	0.0683	-0.0015	-0.0217	0.1266	0.0124	0.1141	-11.0893	31.5782	0.1641
3	6.9376	-0.0601	-2.2246	3.0788	-0.1664	2.8752	-0.0351	-0.9702	-0.2173	0.5461	-0.1073	0.3533	-0.0109	0.051	-0.0083	0.2317	-0.0276	0.0223	0.3413	0.0129	0.156	-15.8062	27.5848	12.3768
4	4.3587	0.1557	-0.9717	3.1678	-0.3797	3.3528	-0.0203	-0.1123	-0.5444	0.0005	-0.0866	-0.2865	0.2414	0.2622	0.1655	0.1068	-0.0037	-0.0305	0.1348	0.0236	0.1609	-8.4593	22.3327	-1.1697
5	5.3957	3.2229	-3.378	4.1396	0.6393	5.39	-0.072	-0.5756	-0.6786	0.2958	0.0607	-0.2755	0.4831	0.4276	0.0162	0.2321	0.0218	0.0077	0.2594	0.1208	0.2882	-19.8704	15.0993	8.9879
6	4.5776	1.7936	-1.4659	3.7145	-1.4498	2.4726	0.1615	-0.276	0.2845	0.2048	-0.1453	0.0514	-0.1497	0.2737	-0.0733	0.0924	-0.0046	-0.0225	0.1454	0.0055	0.0843	-12.3475	35.3286	2.356
7	2.7569	-3.3963	0.1088	4.9699	0.0544	0.1758	0.0272	-0.2041	0.8546	-0.1838	-0.0108	-0.7919	-0.5322	0.3532	-0.322	0.1875	-0.0552	0.0223	0.2342	0.0021	0.2944	-10.2351	46.1669	-1.5876
8	2.6485	1.0838	-0.4931	6.0942	-0.7137	2.2801	0.1163	-0.2561	-0.3986	0.2377	-0.0904	0.0701	0.1877	-0.0666	-0.0036	0.0992	0.0001	-0.0178	0.1451	0.0469	0.1415	-23.0896	25.4496	3.5989
9	4.6403	4.3701	-2.2455	4.7495	-3.3773	3.4649	-0.1547	0.2652	-0.4325	-0.4065	0.113	-0.2344	0.3481	-0.1703	0.0627	0.1235	-0.0127	-0.0081	0.119	0.0094	0.1584	-18.1079	25.8344	-4.7859
10	4.0539	2.8844	-0.2116	7.9835	-0.8004	2.5738	0.0072	0.1097	-0.1182	-0.2665	-0.0401	-0.0681	0.1433	-0.0554	-0.026	0.0776	0.0206	-0.011	0.1251	0.0084	0.0999	-19.5126	32.9794	-7.2069
11	6.0214	4.4532	3.6653	4.9762	5.6895	7.4383	-0.3233	0.3242	0.6645	-0.3007	0.1396	0.3131	-0.4919	0.1802	0.0668	0.1224	0.016	-0.0107	0.1289	0.0364	0.1658	-30.5853	47.5989	-5.761
12	2.8954	-0.259	0.692	2.5912	0.6142	4.0369	0.2402	0.2057	-0.2963	0.1922	0.0986	0.0108	0.0579	0.1775	-0.2347	0.069	0.0165	0.0246	0.1816	-0.0127	0.1196	-33.7449	40.3471	-1.026
13	0.6517	-0.3997	0.0864	0.6634	-0.51	0.5121	-0.0046	-0.4088	-0.0712	0.4223	-0.0308	-0.3359	-0.0445	0.3415	-0.0312	0.6472	0.0324	-0.8121	1.1536	0.2198	0.388	-19.2033	44.8628	15.9837
14	3.7399	-1.065	5.2327	1.0606	-1.7442	8.2947	-0.2661	-1.0484	0.5079	0.3801	0.0382	-0.1134	-0.4943	-0.3658	-0.0037	0.1972	0.0101	0.0232	0.3327	-0.0904	0.1551	-32.7943	46.7999	8.7957
15	6.0595	0.9537	2.4923	3.7024	0.953	6.0067	-0.1097	-0.0997	0.6847	-0.019	-0.0756	0.2516	-0.3577	-0.2974	0.1638	0.1096	0.0398	0.0324	0.1538	0.0002	0.1729	-36.3649	49.5026	-3.9621
16	4.8873	-4.6011	1.6495	5.2855	-0.3444	7.5235	-0.0249	-1.0092	1.0816	1.4744	0.1237	0.2903	-0.4382	-0.2844	-0.0846	0.4522	-0.078	0.0548	0.2498	-0.1132	0.5213	-24.6109	57.2264	5.9696
17	4.7863	4.2499	3.7306	4.0545	3.3234	3.1895	0.1315	-0.3343	-0.1858	0.0536	-0.1071	-0.1179	-0.0253	-0.2006	0.0078	0.1414	0.0091	0.0175	0.186	-0.0092	0.1574	-32.7691	37.2598	1.0072
18	2.5852	0.0541	0.3554	4.2958	-0.6754	2.0142	0.0686	-0.225	0.1422	0.2674	-0.0373	0.1896	-0.0172	-0.0587	-0.0006	0.0848	0.0231	0.0252	0.146	-0.0125	0.0645	-27.0102	37.3602	1.2343
19	5.9734	4.637	2.2768	3.8721	2.6425	3.6314	-0.1071	0.2638	0.4386	-0.2427	0.0174	0.1121	-0.2684	0.0884	0.1082	0.0878	0.0095	0.0289	0.1351	-0.0048	0.163	-26.9297	43.8731	-6.6873
20	2.9508	1.5354	-0.1477	7.5539	-0.1946	2.3173	0.1141	0.1418	0.1827	-0.0288	-0.0818	0.2203	-0.1284	-0.0575	0.0225	0.057	0.017	0.0054	0.1242	0.0008	0.0957	-25.3458	38.0701	-7.7129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 27 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 40 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 53 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 54 through 59 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 60 through 74 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 75 through 86 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 87 through 99 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 100 through 108 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 109 through 118 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 10 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 11 through 27 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 28 through 32 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 33 through 40 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 41 through 53 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 54 through 59 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 60 through 75 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 76 through 99 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 100 through 108 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 109 through 118 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)