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- PDB-3rpt: Crystal structure of the anti-HIV b12 scaffold protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpt
タイトルCrystal structure of the anti-HIV b12 scaffold protein
要素Endoglucanase E-2
キーワードHYDROLASE / scaffold protein anti-HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / 1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / Cellulose binding domain ...Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / 1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.303 Å
データ登録者Chen, L. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Computation-guided backbone grafting of a discontinuous motif onto a protein scaffold.
著者: Azoitei, M.L. / Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Carrico, C. / Kalyuzhniy, O. / Chen, L. / Schroeter, A. / Huang, P.S. / McLellan, J.S. / Kwong, P.D. / Baker, D. / Strong, R.K. / Schief, W.R.
履歴
登録2011年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Endoglucanase E-2
A: Endoglucanase E-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7483
ポリマ－59,6522
非ポリマー961
水6,431357
1
X: Endoglucanase E-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8261
ポリマ－29,8261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endoglucanase E-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9222
ポリマ－29,8261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.867, 46.240, 62.282
Angle α, β, γ (deg.)78.57, 81.80, 61.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase E-2 / Cellulase E-2 / Cellulase E2 / Endo-1 / 4-beta-glucanase E-2


分子量: 29825.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 遺伝子: celB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26222, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SUBMITTED SEQUENCE IS DIFFERENT FROM THE REFERENCE SEQUENCE. REMARK 999 THE REFERENCE PROTEIN ...THE SUBMITTED SEQUENCE IS DIFFERENT FROM THE REFERENCE SEQUENCE. REMARK 999 THE REFERENCE PROTEIN WAS USED AS BACKBONE. A NEW SCAFFOLDING REMARK 999 PROTEIN WAS GENERATED BY INSERTING AND DELETING CERTAIN RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M Li2SO4,0.1 M MgSO4, 0.1 M acetate pH 4.5, and 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日
放射モノクロメーター: Si 200 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最低解像度: 50 Å / Num. all: 85025 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.29→1.31 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.303→26.207 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 4099 5.07 %random
Rwork0.1735 ---
obs0.175 80860 75.46 %-
all-65145 --
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.361 Å2 / ksol: 0.484 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.4878 Å21.5095 Å22.5509 Å2
2---3.3393 Å21.4012 Å2
3----6.1484 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.303→26.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 0 5 357 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2515382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9461395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3031-1.31850.257650.1511289X-RAY DIFFRACTION36
1.3185-1.33450.207760.16551507X-RAY DIFFRACTION43
1.3345-1.35140.2293810.15211558X-RAY DIFFRACTION44
1.3514-1.36920.2049680.16381672X-RAY DIFFRACTION48
1.3692-1.3880.2578860.16591739X-RAY DIFFRACTION49
1.388-1.40780.2099850.17051842X-RAY DIFFRACTION53
1.4078-1.42880.2557930.16091940X-RAY DIFFRACTION55
1.4288-1.45110.1975980.16822052X-RAY DIFFRACTION59
1.4511-1.47490.23751160.16272103X-RAY DIFFRACTION60
1.4749-1.50030.221030.16562310X-RAY DIFFRACTION65
1.5003-1.52760.21031210.16582457X-RAY DIFFRACTION70
1.5276-1.5570.21261520.16782535X-RAY DIFFRACTION73
1.557-1.58880.22111560.17192644X-RAY DIFFRACTION76
1.5888-1.62330.21751580.17512774X-RAY DIFFRACTION80
1.6233-1.66110.20251760.17592939X-RAY DIFFRACTION84
1.6611-1.70260.24551440.16713048X-RAY DIFFRACTION87
1.7026-1.74860.24171840.16533096X-RAY DIFFRACTION89
1.7486-1.80010.19831800.16523223X-RAY DIFFRACTION92
1.8001-1.85820.191630.15723236X-RAY DIFFRACTION92
1.8582-1.92460.20551740.14953264X-RAY DIFFRACTION93
1.9246-2.00160.17621850.1423298X-RAY DIFFRACTION94
2.0016-2.09260.18971710.14833326X-RAY DIFFRACTION95
2.0926-2.20290.17361700.14243367X-RAY DIFFRACTION95
2.2029-2.34090.19351980.15473335X-RAY DIFFRACTION96
2.3409-2.52150.17782070.16553350X-RAY DIFFRACTION96
2.5215-2.7750.2311740.17113379X-RAY DIFFRACTION96
2.775-3.17590.17692020.16483351X-RAY DIFFRACTION96
3.1759-3.9990.17861600.16813284X-RAY DIFFRACTION93
3.999-26.21220.23551530.24412843X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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