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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pzj
タイトル1.60 Angstrom resolution crystal structure of a transcriptional regulator of the LysR family from Eggerthella lenta DSM 2243
要素Transcriptional regulator, LysR family
キーワードTRANSCRIPTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, LysR family
類似検索 - 構成要素
生物種Eggerthella lenta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.60 Angstrom resolution crystal structure of a transcriptional regulator of the LysR family from Eggerthella lenta DSM 2243
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2152
ポリマ－8,1791
非ポリマー351
水1,15364
1
A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4294
ポリマ－16,3582
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area1570 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.623, 31.623, 132.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LysR family


分子量: 8179.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eggerthella lenta (バクテリア) / 株: DSM 2243 / 遺伝子: Elen_0221 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8WJY2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FOLLOWING FULL-LENGTH PROTEIN WAS CRYSTALLIZED, HOWEVER ONLY 70 RESIDUES WERE OBSERVED IN THE ...THE FOLLOWING FULL-LENGTH PROTEIN WAS CRYSTALLIZED, HOWEVER ONLY 70 RESIDUES WERE OBSERVED IN THE CRYSTAL. SEQRES REPRESENTS THE OBSERVED RESIDUES ONLY. MHHHHHHSSGVDLWSHPQFEKGTENLYFQSNAMLDFRVETFLTV(CME)RTMNYTRAAEEL NITQPAVSQHIAHLERDYGVPLFAYRNKKLQLTDAGALLRDALSTMAHDERLLRDRMRSSA TGARVELSLGMTLTAGEYLVAAPLADYLRRHPELHVAVRSGGTSELLALLNAGEIDCAFVE GFFDKNAYAWDVFRTERLVCVCAADHEFAARPVRVEDLFDERLIVREPGSGTRAVLEHALA AQNLTVDGFAQASVVESLDVIKILVEHDLGISFLYEAAVARELAAGTLRVIDLEGLAILHD IAFIRLKNSVFEREFQNLFADL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein at 1.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. crystallization: The Classics II Suite (A12 (#12): 100 mM Tris pH 8.5, 3 M NaCl), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, ...詳細: protein at 1.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. crystallization: The Classics II Suite (A12 (#12): 100 mM Tris pH 8.5, 3 M NaCl), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K. Cryo condition: 25% (final) sucrose.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97875 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 9452 / Num. obs: 9452 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 51.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique all: 377 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.221 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21322 452 4.8 %RANDOM
Rwork0.18955 ---
obs0.19072 8945 98.2 %-
all-8945 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å20 Å20 Å2
2--2.19 Å2-0 Å2
3----4.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数565 0 1 64 630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.019594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1411.993805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86331322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.439573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.56322.85728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5211594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.259156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02142
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 31 -
Rwork0.307 583 -
obs-583 90.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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