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万見
- PDB-4pzc: Crystal structure of (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase PaaH1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pzc
タイトルCrystal structure of (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase PaaH1 from Ralstonia eutropha
要素3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / catabolic process / NAD+ binding / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha H16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, J. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and biochemical properties of the (S)-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase PaaH1 from Ralstonia eutropha
著者: Kim, J. / Chang, J.H. / Kim, K.J.
履歴
登録2014年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Derived calculations
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
B: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
C: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7783
ポリマ－90,7783
非ポリマー00
水1,40578
1
A: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

A: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5192
ポリマ－60,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area3760 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
2
B: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
C: 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5192
ポリマ－60,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.427, 135.427, 97.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-336-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase


分子量: 30259.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia eutropha H16 (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: paaH1, H16_A0282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KEY8, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 0.2M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30900 / % possible obs: 96.8 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 14.658 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.733 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27131 1564 5.1 %RANDOM
Rwork0.21105 ---
obs0.21402 29327 96.79 %-
all-30900 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.22 Å21.11 Å20 Å2
2--2.22 Å2-0 Å2
3----7.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6306 0 0 78 6384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9878637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816314829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2015846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.06824.658219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.615151155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1131533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9445.9293393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9455.9293392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1258.8724236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1248.8734237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.686.2572991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6796.2582992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8159.2314402
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.30447.0437686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.30447.0527685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.602→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 109 -
Rwork0.325 2102 -
obs--95.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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