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- PDB-4pyh: Phospho-glucan bound structure of starch phosphatase Starch EXces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pyh
タイトルPhospho-glucan bound structure of starch phosphatase Starch EXcess4 reveals the mechanism for C6-specificty
要素Phosphoglucan phosphatase DSP4, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / starch phosphatase / chloroplast / Dual-Specificity Phosphatase / Carbohydrate Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


amylopectin binding / carbohydrate phosphatase activity / starch metabolic process / starch catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / chloroplast stroma / polysaccharide binding / phosphoprotein phosphatase activity / chloroplast
類似検索 - 分子機能
: / Laforin-like, dual specificity phosphatase domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily ...: / Laforin-like, dual specificity phosphatase domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltohexaose / PHOSPHATE ION / Phosphoglucan phosphatase DSP4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Meekins, D.A. / Vander Kooi, C.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Phosphoglucan-bound structure of starch phosphatase Starch Excess4 reveals the mechanism for C6 specificity.
著者: Meekins, D.A. / Raththagala, M. / Husodo, S. / White, C.J. / Guo, H.F. / Kotting, O. / Vander Kooi, C.W. / Gentry, M.S.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglucan phosphatase DSP4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7155
ポリマ－33,5121
非ポリマー1,2024
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.475, 77.893, 117.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Phosphoglucan phosphatase DSP4, chloroplastic / AtPTPKIS1 / Dual specificity protein phosphatase 4 / Protein STARCH-EXCESS 4 / AtSEX4


分子量: 33512.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-379 / 変異: C198S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DSP4, PTPKIS1, SEX4, At3g52180, F4F15.290 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9FEB5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 357分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 37915 / Num. obs: 36096 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.7.3-928モデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3-928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NME

3nme


解像度: 1.65→19.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.138 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21763 1807 5 %RANDOM
Rwork0.17706 ---
obs0.17909 34257 --
all-36064 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.514 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 79 354 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5172.0023452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38735571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6265309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06823.482112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95415450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0451519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.6051209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1241.6021208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8652.4011521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8672.4041522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.611.8031346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.611.8031346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5772.6281930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.04614.1143118
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.63513.2772916
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 124 -
Rwork0.234 2317 -
obs--89.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.104 Å / Origin y: -1.366 Å / Origin z: -1.56 Å
111213212223313233
T0.0101 Å2-0.0037 Å20.0006 Å2-0.0081 Å20.0012 Å2--0.0076 Å2
L0.64 °20.1082 °20.492 °2-0.8717 °2-0.2264 °2--1.7654 °2
S-0.0135 Å °0.0551 Å °0.0335 Å °-0.0884 Å °0.0155 Å °-0.0009 Å °0.0523 Å °-0.0082 Å °-0.0019 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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