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- PDB-4pxq: Crystal structure of D-glucuronyl C5-epimerase in complex with he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxq
タイトルCrystal structure of D-glucuronyl C5-epimerase in complex with heparin hexasaccharide
要素D-glucuronyl C5 epimerase B
キーワードISOMERASE / epimerization enzyme / multiple domain structure / Heparan sulfate C5-epimerase / heparin / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase / heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase activity / heparin biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / Golgi membrane / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-glucuronyl C5-epimerase, C-terminal / D-glucuronyl C5-epimerase / D-glucuronyl C5-epimerase C-terminus / D-glucuronyl C5-epimerase, beta-sandwich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glucuronyl C5-epimerase B / D-glucuronyl C5-epimerase B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ke, J. / Qin, Y. / Gu, X. / Tan, J. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Ding, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Study of d-Glucuronyl C5-epimerase.
著者: Qin, Y. / Ke, J. / Gu, X. / Fang, J. / Wang, W. / Cong, Q. / Li, J. / Tan, J. / Brunzelle, J.S. / Zhang, C. / Jiang, Y. / Melcher, K. / Li, J.P. / Xu, H.E. / Ding, K.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-glucuronyl C5 epimerase B
B: D-glucuronyl C5 epimerase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7374
ポリマ－132,2722
非ポリマー3,4652
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11960 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area44140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.606, 200.982, 46.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.02841, 0.999298, 0.024416), (0.999556, -0.028618, 0.008241), (0.008934, 0.024171, -0.999668)-70.74078, 72.61227, 7.14761

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要素

#1: タンパク質 D-glucuronyl C5 epimerase B


分子量: 66136.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: glce, glceb, Hsepi / プラスミド: pSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6TS32, UniProt: F1QR43*PLUS, heparosan-N-sulfate-glucuronate 5-epimerase
#2: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1732.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16% w/v PEG 3,350, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 2% v/v Tacsimate pH 5.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 74069 / Num. obs: 74069 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10687 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→45.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.117 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22177 3728 5 %RANDOM
Rwork0.19431 ---
all0.19568 70293 --
obs0.19568 70265 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8252 0 210 813 9275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.97911813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78151029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84222.887388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.454151422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.511564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2060.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4412.7184122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4574.0735149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9732.9974558
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.39125.64538297
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 278 -
Rwork0.314 5089 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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