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- PDB-4pxi: Elucidation of the Structural and Functional Mechanism of Action ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxi
タイトルElucidation of the Structural and Functional Mechanism of Action of the TetR Family Protein, CprB from S. coelicolor A3(2)
要素
  • CprB
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / CprB-DNA complex / TetR superfamily of transcription regulators / A-factor receptor homolog protein / CprB / Autoregulator / S. coelicolor A3(2) / gamma-butryolactones receptor protein / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...: / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CprB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hussain, B. / Ruchika, B. / Aruna, B. / Ruchi, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional basis of transcriptional regulation by TetR family protein CprB from S. coelicolor A3(2)
著者: Bhukya, H. / Bhujbalrao, R. / Bitra, A. / Anand, R.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CprB
B: CprB
C: CprB
D: CprB
E: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3826
ポリマ－108,3826
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area41470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.060, 149.060, 69.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT IS TETRAMERIC. ONE IS DIMER PROTEIN (A,B) AND DOUBLE STRANDED DNA (E,F). THE OTHER IS DIMER PROTEIN (C,D) AND DOUBLE STRANDED DNA (E,F).

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要素

#1: タンパク質
CprB


分子量: 23719.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: cprB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66122
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6712.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized oligonucleotide sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 6792.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized oligonucleotide sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MgCl2-6H2O, 0.05M Tris-HCl pH7.5, 10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR 225 CCD detector / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→129.089 Å / Num. all: 28269 / Num. obs: 28269 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.2-3.373.30.5251.50.525198.6
3.37-3.583.20.4191.10.419199.2
3.58-3.823.60.2652.40.265199.8
3.82-4.133.90.1961.90.1961100
4.13-4.534.30.1424.80.1421100
4.53-5.064.30.1056.70.1051100
5.06-5.844.30.09770.0971100
5.84-7.164.30.1036.60.1031100
7.16-10.124.30.0687.80.0681100
10.12-60.9014.20.0915.60.091199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UI5

1ui5


解像度: 3.2→60.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 57.729 / SU ML: 0.425 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29433 1163 4.1 %RANDOM
Rwork0.21985 ---
obs0.22299 27073 99.56 %-
all-28269 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→60.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6030 856 0 0 6886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0187094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.8719803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9475781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28120.958261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.14615985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1241582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 92 -
Rwork0.299 2023 -
obs--97.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4828-0.7196-0.97030.2960.25980.34360.1165-0.1135-0.0762-0.0593-0.1124-0.00830.0662-0.0515-0.0040.28140.0217-0.01320.48690.01820.2026-77.925722.0329-14.0487
22.3631-0.49140.30090.3128-0.05650.0483-0.0534-0.1422-0.04570.02770.0802-0.02640.0346-0.0309-0.02680.24420.10880.00520.55260.00510.212-73.974822.057410.8731
31.3247-1.19620.27291.4899-0.24940.06580.13890.0652-0.0483-0.113-0.08860.06370.0454-0.0112-0.05040.37680.1889-0.00960.4091-0.00090.2019-18.4633-10.3261-10.9946
42.4315-1.7519-0.9051.85050.64150.36980.0236-0.1276-0.0504-0.166-0.0160.05570.0497-0.0204-0.00760.40970.1209-0.03290.3682-0.00170.1913-16.4694-13.591213.6242
51.2212-0.63110.49880.3294-0.26260.21140.0503-0.077-0.0151-0.00640.01010.0216-0.0136-0.0275-0.06040.42880.12630.07040.4806-0.0080.1935-40.01916.0187-0.5823
61.1457-0.20690.04110.0452-0.0050.00270.02030.02810.0086-0.02260.0195-0.0221-0.00820.0073-0.03980.39990.13590.01810.5399-0.04640.1869-40.314815.6795-2.3245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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