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万見
- PDB-4pxg: Crystal Structure of TypeII restriction Enzyme Sau3AI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxg
タイトルCrystal Structure of TypeII restriction Enzyme Sau3AI
要素Type-2 restriction enzyme Sau3AI
キーワードHYDROLASE / Type II restriction enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair MutH/Type II restriction enzyme Sau3AI / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme Sau3AI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Xu, C.Y. / Yu, F. / Hu, X.J. / He, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 2.45 A Crystal Structure of the Restriction Endonuclease Sau3AI Suggests a Self-Inhibition Mechanism
著者: Xu, C.Y. / Yu, F. / Hu, X.J. / He, J.H.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme Sau3AI
B: Type-2 restriction enzyme Sau3AI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2183
ポリマ－118,1782
非ポリマー401
水55831
1
A: Type-2 restriction enzyme Sau3AI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1292
ポリマ－59,0891
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type-2 restriction enzyme Sau3AI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0891
ポリマ－59,0891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.648, 197.673, 191.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A6 - 489
2010B6 - 489

-
要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme Sau3AI / R.Sau3AI / Endonuclease Sau3AI / Type II restriction enzyme Sau3AI


分子量: 59089.082 Da / 分子数: 2 / 変異: E64A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: 3A / 遺伝子: sau3AIR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 16% polyethylene glycol 8000, 1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 3W1A10.9789
シンクロトロンSSRF BL17U20.9792
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年7月7日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年6月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97921
反射解像度: 2.45→54.14 Å / Num. all: 47905 / Num. obs: 47905 / % possible obs: 8.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.45-2.684.10.3313.5105110.40924.3
6-54.1412.90.03670.943930.0397.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 11.307 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26331 2331 5.1 %RANDOM
Rwork0.22373 ---
obs0.22576 43797 94.07 %-
all-46127 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å20 Å2
2---6.97 Å2-0 Å2
3---6.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7608 0 1 31 7640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.95310471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95317071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5625.389386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.358151430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4186.9013718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4176.9013717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.15610.3414637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.15510.3414638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8957.3424059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8957.3424059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.01410.7495834
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.77453.8278699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.77453.838700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 28575 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.449→2.512 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 111 -
Rwork0.396 1964 -
obs--58.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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