+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pxg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of TypeII restriction Enzyme Sau3AI | ||||||
![]() | Type-2 restriction enzyme Sau3AI | ||||||
![]() | HYDROLASE / Type II restriction enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, C.Y. / Yu, F. / Hu, X.J. / He, J.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: The 2.45 A Crystal Structure of the Restriction Endonuclease Sau3AI Suggests a Self-Inhibition Mechanism Authors: Xu, C.Y. / Yu, F. / Hu, X.J. / He, J.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 195.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 163.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 59089.082 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E64A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P16667, type II site-specific deoxyribonuclease #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.47 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 16% polyethylene glycol 8000, 1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→54.14 Å / Num. all: 47905 / Num. obs: 47905 / % possible obs: 8.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1,2
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.955 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|