PDB-4pxe: The crystal structure of AtUAH in complex with glyoxylate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pxe

タイトル

The crystal structure of AtUAH in complex with glyoxylate

要素

Ureidoglycolate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbarmoylase

機能・相同性

機能・相同性情報

ureidoglycolate amidohydrolase / ureide catabolic process / ureidoglycolate hydrolase activity / allantoin catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / purine nucleobase catabolic process / plastid / manganese ion binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.449 Å

データ登録者

Shin, I. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase.
著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S.

履歴

登録	2014年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pxe.cif.gz	353.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pxe.ent.gz	284.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4pxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pxbC 4pxcC 4pxdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pxb-d 4pxc-d 3txv-2 1re3-1 4d5q-1 2wi9-d 4d5v-1 1re4-2 2vzm-d 4u5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ureidoglycolate hydrolase

B: Ureidoglycolate hydrolase

ヘテロ分子

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.983, 89.758, 163.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ureidoglycolate hydrolase / AtUAH / Allantoate amidohydrolase 2 / AtAHH2 / Ureidoglycolate amidohydrolase 分子量: 46328.801 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-476 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UAH, AAH2, At5g43600, K9D7.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VXY9, EC: 3.5.3.19
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸分子量: 74.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 % / Mosaicity: 0.249 ° / Mosaicity esd: 0.002 °

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-1A	1	1.1
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	2	0.97923, 0.97940, 0.96417

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M-F	1	PIXEL	2012年10月27日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2012年3月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	0.97923	1
3	0.9794	1
4	0.96417	1

反射

解像度: 1.449→50 Å / Num. obs: 182920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 0.939 / Net I/σ(I): 5.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.449-1.5	8.7	0.868	18097	0.552	100
1.5-1.56	8.8	0.67	18141	0.583	100
1.56-1.63	8.3	0.465	18144	0.617	100
1.63-1.72	9	0.354	18137	0.645	100
1.72-1.83	8.7	0.261	18163	0.735	100
1.83-1.97	8.7	0.19	18191	0.934	100
1.97-2.17	8.9	0.148	18275	1.144	100
2.17-2.48	8.6	0.125	18359	1.27	100
2.48-3.12	8.6	0.101	18445	1.397	100
3.12-50	8.9	0.077	18968	1.467	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.449→46.675 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1759	2000	1.09 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1616	182800	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.442 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.72 Å² / B_iso mean: 20.7487 Å² / B_iso min: 7.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.528 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1383 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.6663 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.449→46.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6404	0	14	1297	7715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	8860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.744	2456

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4493-1.4856	0.2838	139	0.2679	12560	12699	98
1.4856-1.5258	0.2418	142	0.2302	12810	12952	100
1.5258-1.5707	0.2215	141	0.202	12799	12940	100
1.5707-1.6214	0.1856	142	0.1785	12839	12981	100
1.6214-1.6793	0.1804	142	0.1659	12817	12959	100
1.6793-1.7466	0.1835	143	0.1594	12867	13010	100
1.7466-1.826	0.1876	141	0.1561	12839	12980	100
1.826-1.9223	0.1654	143	0.1496	12874	13017	100
1.9223-2.0428	0.1757	143	0.1516	12898	13041	100
2.0428-2.2005	0.1713	142	0.1502	12944	13086	100
2.2005-2.4219	0.1582	144	0.1539	12962	13106	100
2.4219-2.7723	0.187	144	0.158	13013	13157	100
2.7723-3.4927	0.1841	145	0.1601	13089	13234	100
3.4927-46.699	0.1532	149	0.1561	13489	13638	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3783	0.0264	0.0457	0.5004	-0.0146	0.255	0.0165	0.0375	0.0016	-0.0861	0.0062	0.104	0.0924	-0.0461	0.0004	0.1552	-0.0198	-0.0139	0.1217	0.0038	0.1375	-2.8886	72.4403	90.2088
2	0.4527	-0.3427	0.066	0.3073	-0.1675	0.6611	0.0199	0.0045	-0.2124	-0.0835	0.0072	0.0353	0.3735	-0.1206	0.0262	0.3018	-0.0611	-0.0023	0.1277	0.0048	0.1924	-2.6207	56.0498	96.9256
3	0.0467	0.0324	-0.0783	0.1005	-0.1725	0.6099	-0.0221	-0.017	-0.0266	-0.0351	-0.0529	-0.0363	0.0962	0.0938	-0.0004	0.1306	0.0239	0.0296	0.1356	0.0219	0.1422	12.3339	64.1706	118.4609
4	-0.0157	0.092	0.0929	-0.0076	0.1018	0.1498	-0.022	0.0278	-0.0141	-0.0799	0.0223	-0.0075	0.151	-0.0092	0.0012	0.1961	0.051	0.056	0.1371	0.0215	0.1578	14.2096	63.1928	98.8254
5	0.1005	0.0938	-0.0893	0.2057	-0.2473	0.2178	-0.003	-0.0214	0.0045	-0.0408	-0.02	0.0047	0.0513	0.0221	-0	0.1503	0.0064	0.018	0.1154	0.0062	0.1245	11.5155	74.7629	95.873
6	0.1795	0.0415	0.0107	0.115	-0.0688	0.0517	-0.0846	0.0036	0.0426	-0.0476	0.1627	-0.0296	0.0512	0.1793	0	0.1747	-0.0029	0.0166	0.1451	-0.0011	0.1299	8.7565	77.7841	81.9692
7	0.3567	0.1009	-0.2564	0.4406	-0.0306	0.2683	0.0105	-0.0876	0.0064	0.0644	-0.0292	-0.0605	0.0063	0.0711	-0.0011	0.0953	-0.0004	-0.0068	0.1463	0.0126	0.1233	-24.362	63.174	146.345
8	0.6266	-0.2527	-0.2058	0.393	-0.1528	0.4509	0.0465	-0.0779	0.1943	0.0984	0.0036	-0.0893	-0.1585	0.072	0.0154	0.1434	-0.0338	0.0085	0.1173	-0.0294	0.1561	-20.184	79.675	141.981
9	0.1619	-0.0549	-0.2586	0.0674	0.178	0.5696	0.0213	0.0178	0.0063	0.0199	-0.0331	0.0239	-0.0617	-0.0633	-0	0.1164	0.0114	0.0099	0.1233	-0.0052	0.1234	5.928	71.639	135.2
10	0.0933	0.0822	-0.0397	0.1492	-0.107	0.0907	0.0579	0.0379	0.046	-0.0713	-0.0187	-0.0296	-0.1498	-0.0056	-0.0002	0.1019	0.0102	0.0088	0.1308	0.0045	0.1122	-5.704	72.259	151.178
11	0.3056	0.0384	-0.0282	0.3152	0.1269	0.2213	-0.0108	0.0065	-0.0049	0.0152	-0.0152	0.0175	0.0039	-0.0024	0	0.0915	0.0031	0.0108	0.1109	0.009	0.1153	-13.06	59.852	153.887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 54:192)	A	54 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 193:255)	A	193 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 256:378)	A	256 - 378
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 379:410)	A	379 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 411:455)	A	411 - 455
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 456:476)	A	456 - 476
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 54:192)	B	54 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 193:255)	B	193 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 256:378)	B	256 - 378
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 379:410)	B	379 - 410
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 411:476)	B	411 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)