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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pxd | ||||||
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タイトル | The crystal structure of EcAAH in complex with allantoate | ||||||
![]() | Allantoate amidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Amidase / Hydantoinase / Carbarmoylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() allantoate deiminase / allantoate deiminase activity / allantoin assimilation pathway / purine nucleobase metabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shin, I. / Rhee, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase. 著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45877.969 Da / 分子数: 2 / 変異: E126A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P77425, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 % / Mosaicity: 0.34 ° / Mosaicity esd: 0.005 ° |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 41528 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z2L 解像度: 2.2→31.301 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.44 Å2 / Biso mean: 24.4861 Å2 / Biso min: 8.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.301 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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