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- PDB-4pwz: Crystal structure of TolB protein from Yersinia pestis CO92 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pwz
タイトルCrystal structure of TolB protein from Yersinia pestis CO92
要素Protein TolB
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold and beta propeller fold / translocation / Pal
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import / periplasmic space / cell division
類似検索 - 分子機能
TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase ...TolB, N-terminal domain / TolB, N-terminal / Tol-Pal system protein TolB / TolB amino-terminal domain / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tol-Pal system protein TolB
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.732 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TolB protein from Yersinia pestis CO92
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Osipiuk, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TolB
B: Protein TolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1927
ポリマ－88,5972
非ポリマー5965
水9,962553
1
A: Protein TolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4052
ポリマ－44,2981
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein TolB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7885
ポリマ－44,2981
非ポリマー4904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.440, 95.813, 80.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein TolB


分子量: 44298.422 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: tolB, y3055, YPO1124, YP_1032 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8ZGZ1

-
非ポリマー , 5種, 558分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 10% PEG5000 MME, 12% 1-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 81921 / Num. obs: 81921 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.29 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.75 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3562 / Rsym value: 0.607 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C5K

1c5k


解像度: 1.732→30.74 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: MIXED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 3993 5.01 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.169 79632 --
obs0.169 79632 96.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.732→30.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6132 0 37 553 6722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2879276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0032501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.732-1.75230.25061070.21261816192368
1.7523-1.77370.24551140.20642161227581
1.7737-1.79610.28131050.20512285239085
1.7961-1.81980.23841180.19172453257190
1.8198-1.84470.2571390.19142515265494
1.8447-1.8710.26981500.18282568271895
1.871-1.8990.22941430.17712581272498
1.899-1.92860.19421630.18272663282699
1.9286-1.96020.25351360.17542660279699
1.9602-1.9940.21011160.178426852801100
1.994-2.03030.23681320.171427242856100
2.0303-2.06930.23221470.177326782825100
2.0693-2.11160.18581190.166326922811100
2.1116-2.15750.17731390.168726802819100
2.1575-2.20760.19811370.171926922829100
2.2076-2.26280.24571330.179527082857100
2.2628-2.3240.20331490.170726922841100
2.324-2.39230.21351400.169326892829100
2.3923-2.46950.22431520.178526792831100
2.4695-2.55780.20561490.177726762825100
2.5578-2.66010.19051470.180126992846100
2.6601-2.78110.2251360.175327282864100
2.7811-2.92760.17921480.181326592807100
2.9276-3.11090.22011530.182326902743100
3.1109-3.35080.19171590.174526822841100
3.3508-3.68750.17991460.154127202866100
3.6875-4.21990.1651370.146226932830100
4.2199-5.31220.1521370.125627512888100
5.3122-30.74480.17351420.15772720286299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9861-0.38922.67031.7562-1.4338.09660.06650.1398-0.1933-0.07340.0594-0.11810.11010.1988-0.08190.03880.02130.05110.1395-00.187241.557111.534552.0796
21.84530.6585-0.21742.93310.18931.4163-0.0136-0.0449-0.07890.0418-0.0125-0.07560.01220.03980.03940.08160.02450.00090.08560.0090.094737.638317.876857.5883
31.71290.29270.34861.3608-0.13821.22210.0190.1137-0.2488-0.12720.0243-0.06290.1648-0.042-0.03540.146-0.00290.00250.0972-0.0160.092918.9177-7.556647.1393
41.93910.52610.22222.674-0.25532.6508-0.0802-0.0689-0.0111-0.14120.06490.16010.0065-0.22090.00710.13140.0013-0.02370.1334-0.00090.08754.02231.610135.6716
52.8451-0.3471-0.0182.2247-0.41152.9751-0.06940.2269-0.0534-0.2896-0.0267-0.12610.05490.2750.09060.1624-0.03990.01650.1394-0.01010.101924.59575.380235.2613
60.8949-0.899-0.07242.10550.10090.54730.04160.0280.1276-0.0949-0.0834-0.1676-0.02190.07650.02440.0827-0.0088-0.00740.11870.01950.130334.8866-16.964368.797
70.9891-0.148-0.48271.0636-0.37081.231-0.023-0.05460.02630.1030.02070.007-0.0828-0.06240.00420.09180.0022-0.0080.1022-0.02140.07979.8577-6.220580.4047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 157 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 256 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 257 through 344 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 345 through 430 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 199 through 430 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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