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- PDB-4pwn: Crystal structure of Active WNK1 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pwn
タイトルCrystal structure of Active WNK1 kinase
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE / kinase / WNK1 / Ser/Thr protein kinase / Serine/Threonine kinase / ATP-binding / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of mitotic cytokinesis / negative regulation of sodium ion transport / regulation of mRNA export from nucleus / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / cellular response to chemokine / potassium ion homeostasis / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / intracellular membraneless organelle / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neuron development / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / Stimuli-sensing channels / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / heart development / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / WNK CCTL2 domain / : / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / WNK CCTL2 domain / : / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Piala, A. / Moon, T. / Akella, T. / He, H. / Cobbm, M.H. / Goldsmith, E.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2014
タイトル: Chloride Sensing by WNK1 Involves Inhibition of Autophosphorylation.
著者: Piala, A.T. / Moon, T.M. / Akella, R. / He, H. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2014年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6342
ポリマ－31,5391
非ポリマー951
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.737, 64.226, 42.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / ...Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1 / hWNK1


分子量: 31538.545 Da / 分子数: 1 / 断片: Serine/Threonine Protein kinase WNK1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK1, HSN2, KDP, KIAA0344, PRKWNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H4A3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.35M potassium phosphate, 19% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→35.18 Å / Num. all: 75996 / Num. obs: 19568 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 30.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3FPQ

3fpq
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.84→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.651 / SU ML: 0.159 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27363 1054 5.1 %RANDOM
Rwork0.22881 ---
obs0.23114 19568 98.99 %-
all-75996 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 5 234 2215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9692712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80934471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5415241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.83924.1392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51315380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0031512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7242.823976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7232.821975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7634.2111213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7624.2141214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7553.091041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.743.0811035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8824.5371493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.3325.442551
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.00924.0752442
LS精密化 シェル解像度: 1.837→1.885 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 70 -
Rwork0.305 1306 -
obs--91.43 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4357 Å / Origin y: -0.1921 Å / Origin z: 11.6164 Å
111213212223313233
T0.127 Å20.0212 Å20.0251 Å2-0.1184 Å20.0096 Å2--0.0224 Å2
L2.8787 °2-2.3947 °2-0.2146 °2-4.1678 °20.5741 °2--0.4805 °2
S0.2476 Å °0.2374 Å °0.1758 Å °-0.3007 Å °-0.1802 Å °-0.195 Å °-0.0074 Å °-0.0058 Å °-0.0674 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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