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- PDB-4pw3: Crystal structure of the sulfite dehydrogenase SorT from Sinorhiz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pw3
タイトルCrystal structure of the sulfite dehydrogenase SorT from Sinorhizobium meliloti
要素Putative sulfite oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SULFITE OXIDASE / SULFITE DEHYDROGENASE / MOLYBDOPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfite oxidase / sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Moybdenum cofactor oxidoreductase, dimerisation / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductase / Mo-co oxidoreductase dimerisation domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin E-set / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM / Sulfite oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者McGrath, A.P. / Maher, M.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural basis of interprotein electron transfer in bacterial sulfite oxidation.
著者: McGrath, A.P. / Laming, E.L. / Casas Garcia, G.P. / Kvansakul, M. / Guss, J.M. / Trewhella, J. / Calmes, B. / Bernhardt, P.V. / Hanson, G.R. / Kappler, U. / Maher, M.J.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sulfite oxidase
B: Putative sulfite oxidase
C: Putative sulfite oxidase
D: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,35610
ポリマ－158,2114
非ポリマー2,1456
水6,774376
1
A: Putative sulfite oxidase
B: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1785
ポリマ－79,1052
非ポリマー1,0733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
2
C: Putative sulfite oxidase
D: Putative sulfite oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1785
ポリマ－79,1052
非ポリマー1,0733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.064, 92.225, 109.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

-
要素

#1: タンパク質
Putative sulfite oxidase


分子量: 39552.684 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 32-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R02832, SMc04049 / プラスミド: PPROEXSMC4049 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: Q92M24, sulfite oxidase
#2: 化合物
ChemComp-MSS / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM


分子量: 505.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12MoN5O7PS2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M MANGANESE (II) CHLORIDE TETRAHYDRATE, 17.5% PEG 10000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日
放射モノクロメーター: SI VORTEX ES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.495
11-h,-k,l20.505
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 77971 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2BPB

2bpb


解像度: 2.35→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.881 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3927 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 77951 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.54 Å20 Å2-0.85 Å2
2--56.88 Å20 Å2
3----27.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10890 0 112 376 11378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02211255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.96915375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86318101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25351454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87424.596433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.403151740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5461557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4521.57221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0441.52981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.854211599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98834034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7344.53776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4499 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.03 Å

Dom-IDAuth asym-IDタイプWeight position
1Atight positional0.05
2Btight positional0.05
3Ctight positional0.05
4Dtight positional0.05
1Atight thermal0.5
2Btight thermal0.5
3Ctight thermal0.5
4Dtight thermal0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 251 -
Rwork0.316 4605 -
obs--82.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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