PDB-4pw0: Alpha/beta hydrolase fold protein from Chitinophaga pinensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pw0

タイトル

Alpha/beta hydrolase fold protein from Chitinophaga pinensis

要素

Alpha/beta hydrolase fold protein

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / APC103277 / alpha/beta hydrolase fold protein / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Alpha/beta hydrolase fold protein

機能・相同性情報

生物種

Chitinophaga pinensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Alpha/beta hydrolase fold protein from Chitinophaga pinensis.
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pw0.cif.gz	141.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pw0.ent.gz	117.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pw0_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pw0_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	4pw0_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	4pw0_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pl0-d 3uxa-d 3pf3-1 3q37-2 4iww-d 5tim-d 4h6w-d 6zmm-d 1sw3-d 3kvo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103277

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold protein

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha/beta hydrolase fold protein

ヘテロ分子

A: Alpha/beta hydrolase fold protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.380, 110.380, 59.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold protein 分子量: 31908.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis (バクテリア) 株: DSM 2588 / 遺伝子: Cpin_2213 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7PEX8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→37.2 Å / Num. all: 133991 / Num. obs: 133991 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 1.244 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.48-1.51	3.7	0.621	1.86	6677	0.654	99.9
1.51-1.53	4.2	0.572		6651	0.662	100
1.53-1.56	4.6	0.52		6770	0.689	100
1.56-1.59	4.7	0.47		6689	0.744	100
1.59-1.63	4.8	0.422		6697	0.774	100
1.63-1.67	5	0.393		6721	0.82	100
1.67-1.71	5.1	0.375		6682	0.862	100
1.71-1.75	5.2	0.351		6729	0.942	100
1.75-1.81	5.4	0.312		6697	1.024	100
1.81-1.86	5.4	0.244		6679	1.078	100
1.86-1.93	5.4	0.197		6724	1.227	100
1.93-2.01	5.4	0.147		6683	1.366	100
2.01-2.1	5.4	0.124		6726	1.466	100
2.1-2.21	5.4	0.103		6707	1.537	100
2.21-2.35	5.4	0.093		6721	1.59	100
2.35-2.53	5.4	0.086		6666	1.649	100
2.53-2.79	5.4	0.085		6724	1.762	100
2.79-3.19	5.3	0.075		6679	1.795	100
3.19-4.02	5.2	0.054		6709	1.81	99.9
4.02-50	5.2	0.046		6660	1.767	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.48→37.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.428 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1333	3453	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1035	-	-	-
obs	0.105	68260	99.83 %	-
all	-	68260	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.62 Å² / B_iso mean: 22.607 Å² / B_iso min: 7.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2170	0	6	374	2550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.959	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.083	24.173	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.44	15	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.933	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.802	1.931	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.801	1.931	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.845	2.909	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.798	3	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	36.297	5	91
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.72	5	4944

LS精密化シェル

解像度: 1.481→1.52 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	257	-
R_work	0.161	4704	-
all	-	4961	-
obs	-	4961	98.94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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