PDB-4pup: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pup

タイトル

2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / Burkholderia cenocepacia J2315 / APC110287

機能・相同性

NinX, bacteriophage P22 / Bacteriophage P22, NinX / DUF2591 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Minasov, G. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pup.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pup.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/4pup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/4pup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2iqj-d 4n4i-d 4k73-d 4q5w-1 3md9-1 1qnb-1 6er6-d 6iah-d 2phz-d 6czg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC110287

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

42.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.785, 88.051, 79.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	A	A	0 - 120	7 - 127
2	1	MSE	MSE	B	B	0 - 120	7 - 127
1	2	MSE	MSE	A	A	0 - 120	7 - 127
2	2	MSE	MSE	C	C	0 - 120	7 - 127
1	3	PRO	PRO	B	B	0 - 123	7 - 130
2	3	PRO	PRO	C	C	0 - 123	7 - 130

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 14239.280 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BCAM1129 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: B4EGA9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: protein: 7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization conditions: 0.2 M Sodium formate, 20 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日 / 詳細: Be lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 10997 / Num. obs: 10997 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.605 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→28.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 32.202 / SU ML: 0.298 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.067 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25497	523	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22436	-	-	-
obs	0.22589	10382	98.59 %	-
all	-	10382	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.08 Å²	0 Å²	0.81 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→28.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2524	0	0	56	2580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.865	1.956	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.211	3	5417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.318	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.011	22.743	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.285	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.606	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5393	0.13
1	2	B	5393	0.13
2	1	A	5334	0.14
2	2	C	5334	0.14
3	1	B	5763	0.1
3	2	C	5763	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.751→2.822 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.557	28	-
R_work	0.343	752	-
obs	-	-	96.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5451	0.379	0.5211	2.3344	0.9178	4.5185	0.1573	-0.32	-0.1204	-0.0578	-0.0692	-0.2927	-0.2647	0.9044	-0.0881	0.033	-0.0575	-0.0274	0.3037	-0.0413	0.1553	11.1581	40.7084	4.5734
2	5.6043	-4.5978	-6.2952	10.2358	7.8131	8.19	-0.1467	-0.7285	-0.6941	0.1511	-0.2371	-0.128	0.2281	0.5351	0.3839	0.2242	0.1183	-0.0711	0.3991	0.0754	0.6181	7.617	30.165	4.9601
3	8.4183	3.581	2.8032	23.0662	11.4433	6.9552	0.2326	-0.2015	-0.4063	-0.4779	0.162	-1.2681	-0.073	0.7633	-0.3946	0.064	0.0966	-0.0081	0.4865	0.1025	0.2523	20.0376	36.3834	8.7574
4	4.3329	-0.5008	-2.3104	7.7165	1.4098	7.219	0.0094	-0.0184	-0.2419	-0.124	-0.2484	-0.0505	0.8318	0.336	0.239	0.3855	-0.1494	0.0184	0.197	0.0072	0.1892	-12.4172	23.3805	26.9302
5	2.087	-0.3465	-0.593	6.0223	0.5029	5.2771	0.1893	0.1604	0.1677	-0.1977	-0.1483	0.7353	0.0841	-0.4881	-0.0411	0.1678	-0.1765	-0.0118	0.2872	-0.0187	0.4083	-15.7893	38.2094	24.343
6	9.2285	-1.6968	11.1271	10.0418	-4.2197	14.5651	1.3242	0.1838	-0.0615	-0.7296	-0.7995	0.0787	1.9445	0.2352	-0.5247	0.6294	-0.2452	0.0361	0.355	-0.0515	0.404	-19.6184	18.3137	29.9081
7	10.5264	-1.5294	-0.6435	3.7726	1.769	2.6005	0.1736	-0.6424	0.1385	0.3095	0.0479	-0.0159	-0.0708	0.7203	-0.2215	0.3749	-0.2492	-0.0114	0.5389	-0.1168	0.5217	8.2233	52.1825	24.5662
8	6.6175	0.5833	0.9144	1.1576	-1.6747	3.3534	0.2678	-0.0684	0.1621	0.2413	0.0337	0.1124	-0.4853	0.1646	-0.3015	0.2181	-0.1484	0.0419	0.1655	-0.0649	0.3372	-4.9353	48.3378	22.3163
9	26.6197	-6.749	-5.6017	7.3859	1.2887	1.7357	0.0109	-0.5555	0.2288	0.2605	0.2577	0.3717	-0.1969	0.436	-0.2686	0.2664	-0.2195	0.0037	0.2762	-0.072	0.1643	8.4755	58.2795	22.1237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	51 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	112 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 38
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	39 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	107 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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