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- PDB-4pu3: Shewanella oneidensis MR-1 Toxin Antitoxin System HipA, HipB and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pu3
タイトルShewanella oneidensis MR-1 Toxin Antitoxin System HipA, HipB and its operator DNA complex (space group P212121)
要素
  • (Operator DNA) x 2
  • Toxin-antitoxin system antidote transcriptional repressor Xre family
  • Toxin-antitoxin system toxin HipA family
キーワードTOXIN/ANTITOXIN/DNA / Toxin Antitoxin System / TOXIN-ANTITOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Serine/threonine-protein kinase toxin HipA / Antitoxin HipB
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Wen, Y. / Behiels, E. / Felix, J. / Elegheert, J. / Vergauwen, B. / Devreese, B. / Savvides, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: The bacterial antitoxin HipB establishes a ternary complex with operator DNA and phosphorylated toxin HipA to regulate bacterial persistence.
著者: Wen, Y. / Behiels, E. / Felix, J. / Elegheert, J. / Vergauwen, B. / Devreese, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin-antitoxin system toxin HipA family
B: Toxin-antitoxin system toxin HipA family
D: Toxin-antitoxin system antidote transcriptional repressor Xre family
Q: Operator DNA
C: Toxin-antitoxin system antidote transcriptional repressor Xre family
P: Operator DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,2086
ポリマ－144,2086
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area50960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.820, 122.450, 189.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C and ( resid 19 through 86 )
22chain D and ( resid 19 through 86 )
13chain C and ( resid 95 through 97 )
23chain D and ( resid 95 through 97 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA0
211chain BB0
112chain C and ( resid 19 through 86 )C0
212chain D and ( resid 19 through 86 )D0
113chain E and ( resid 95 through 97 )C0
213chain F and ( resid 95 through 97 )D0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Toxin-antitoxin system toxin HipA family


分子量: 51167.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_0706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EIX3
#2: タンパク質 Toxin-antitoxin system antidote transcriptional repressor Xre family / HipB


分子量: 12951.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_0705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EIX4
#3: DNA鎖 Operator DNA


分子量: 8036.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: strand 1 / 由来: (合成) Shewanella oneidensis (バクテリア)
#4: DNA鎖 Operator DNA


分子量: 7933.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: strand 2 / 由来: (合成) Shewanella oneidensis (バクテリア)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, pH 7.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1311
シンクロトロンSLS X06DA21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2013年3月12日
DECTRIS PILATUS 2M-F2PIXEL2012年5月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→49.39 Å / Num. all: 19211 / Num. obs: 19211 / % possible obs: 98.93 % / Observed criterion σ(I): 1.81
反射 シェル最高解像度: 3.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1287)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DNV

3dnv


解像度: 3.39→49.381 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 35.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3154 960 5 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.259 19187 98.81 %-
all-19187 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→49.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7801 1004 0 0 8805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.812508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6833425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041442
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3919X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
12B3919X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
21C633X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
22D633X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
31C18X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
32D18X-RAY DIFFRACTION11.107TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.39-3.56890.39661280.32932433X-RAY DIFFRACTION95
3.5689-3.79240.37111350.29592560X-RAY DIFFRACTION99
3.7924-4.08510.30031360.25942591X-RAY DIFFRACTION99
4.0851-4.49590.31421380.2412602X-RAY DIFFRACTION100
4.4959-5.14590.30571360.22662611X-RAY DIFFRACTION100
5.1459-6.4810.31621410.26772671X-RAY DIFFRACTION100
6.481-49.38580.27971460.23482759X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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