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- PDB-4ptv: Halothermothrix orenii beta-glucosidase A, thiocellobiose complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ptv
タイトルHalothermothrix orenii beta-glucosidase A, thiocellobiose complex
要素Glycoside hydrolase family 1
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)8 fold / TIM barrel / glycoside hydrolase / beta-glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thio-beta-cellobiose / : / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Halothermothrix orenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Kori, L.D. / Patel, B.K.C. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis.
著者: Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Intanon, M. / Kori, L.D. / Patel, B.K. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 1
B: Glycoside hydrolase family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2628
ポリマ－104,5712
非ポリマー1,6916
水7,512417
1
A: Glycoside hydrolase family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1314
ポリマ－52,2861
非ポリマー8463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1314
ポリマ－52,2861
非ポリマー8463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.753, 99.068, 108.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 1


分子量: 52285.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothermothrix orenii (バクテリア)
株: H 168 / 遺伝子: bgla, Hore_15280 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8CYA8, beta-glucosidase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose / thio-beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: thio-beta-cellobiose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, CsCl2, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月25日 / 詳細: mirrors, Pt-coated
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Si(111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→49.534 Å / Num. all: 80889 / Num. obs: 80889 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.253 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 6154 / Rsym value: 1.866 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TA9

3ta9


解像度: 1.85→49.53 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 2006 2.49 %random
Rwork0.1958 ---
all0.1966 80626 --
obs0.1966 80626 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7296 0 96 417 7809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09510375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5642906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.89630.39021480.33745573100
1.8963-1.94760.58881260.4703532095
1.9476-2.00490.26441330.27015556100
2.0049-2.06960.28341540.24515570100
2.0696-2.14350.29881530.25065571100
2.1435-2.22940.25021340.20295552100
2.2294-2.33080.30351330.23855612100
2.3308-2.45370.22181530.18095608100
2.4537-2.60740.23581480.18255605100
2.6074-2.80870.19231360.17695637100
2.8087-3.09140.20871500.17315664100
3.0914-3.53860.1881420.16195667100
3.5386-4.45780.14051470.1415724100
4.4578-49.55170.18191490.15915961100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62050.1037-0.03651.08460.22370.97540.00390.00660.05870.10180.00560.03190.0221-0.04610.01190.03320.00220.0040.04710.02550.05362.0459106.452724.9252
20.9785-0.104-0.02910.7882-0.07591.29620.05760.0229-0.052-0.1058-0.02420.06580.1153-0.0161-0.01290.0754-0.0032-0.01980.02650.00210.06444.169499.925711.2549
30.9505-0.2522-0.09440.89210.41140.83370.05840.17770.0261-0.392-0.0129-0.0211-0.18820.0096-0.01860.1641-0.00470.00590.12290.02910.04695.5015109.9155-1.4058
40.9008-0.3986-0.58350.64770.33961.67960.00880.1140.2259-0.2572-0.0931-0.5875-0.30820.0828-0.32160.2144-0.03330.12420.14940.07510.236614.3982125.79594.0827
50.6084-0.0068-0.37110.99910.17030.83910.01590.02090.1095-0.0795-0.00360.1145-0.2837-0.1287-0.00510.11370.051500.04260.0260.1085-1.9778123.396217.7568
61.00810.1073-0.11590.8396-0.00521.03060.05420.0314-0.0017-0.03310.0113-0.0657-0.09270.097-0.01090.0480.00230.00890.0599-0.01570.053440.368490.70352.6866
70.9264-0.0343-0.0790.5995-0.19181.20620.0002-0.0375-0.1467-0.0020.02950.05980.1093-0.0437-0.01970.0510.0002-0.00560.04770.01420.08535.080183.22316.616
81.1313-0.1433-0.13930.9393-0.14531.0135-0.0579-0.48630.02880.33110.1550.0464-0.04220.2322-0.00350.13720.0024-0.0120.21940.00340.060540.190989.950127.26
91.150.791-0.82610.5872-0.54571.72210.3113-0.27070.6064-0.02260.13320.035-0.67140.1416-0.09910.2995-0.08860.02170.2513-0.08670.232549.7397105.49422.2627
100.92610.0951-0.18120.77150.41291.0522-0.0134-0.0761-0.04150.05260.04-0.2323-0.16570.36630.03530.0324-0.0189-0.020.1795-0.00740.114355.39590.00278.0535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4:136 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 137:211 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 212:303 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 304:330 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 331:448 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 4:48 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 49:211 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 212:303 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 304:330 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 331:448 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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